Antibiotiques chez les animaux : diminuer leur utilisation réduit rapidement et durablement la résistance des bactéries
L’utilisation d’antibiotiques sélectionne les bactéries pourvues de gènes de résistance à ces médicaments. La diminution de l’utilisation de ces médicaments permet-elle de réduire la résistance des bactéries ? En d’autres termes, dans quelle mesure l’antibiorésistance est-elle réversible ? « La réponse à cette question n’est pas si évidente, explique Lucie Collineau, chargée de recherche dans l’unité Épidémiologie et appui à la surveillance du Laboratoire de Lyon de l’Anses. La résistance des bactéries aux antibiotiques dépend de nombreux facteurs. On peut notamment avoir des cas de multi-résistance, où l’utilisation d’un antibiotique co-sélectionne la résistance à un autre antibiotique. Réduire l’antibiorésistance n’était donc pas gagné, et surtout on ne savait pas en combien de temps il serait possible de la diminuer. »
Les scientifiques de l’Anses ont mené deux projets de recherche sur la question. L’un portait sur la résistance des Escherichia coli aux fluoroquinolones et aux céphalosporines de troisième et quatrième générations chez les veaux, les chiens et les chats. L’autre, sur la résistance des E. coli à la colistine chez les veaux et les porcs. Les deux études ont été financées dans le cadre du plan Ecoantibio. Elles ont montré que les proportions de bactéries résistantes diminuent très fortement un à deux ans seulement après la réduction de l’utilisation d’antibiotiques.
L’antibiorésistance, un péril pour la santé animale et humaine
Les antibiotiques étudiés ont été choisis pour leur importance pour la santé humaine et animale. Les fluoroquinolones et les céphalosporines sont des antibiotiques d’importance critique, c’est-à-dire qu’ils sont utilisés en dernier recours pour soigner des maladies graves chez l’être humain et l’animal. Leur utilisation en médecine vétérinaire est strictement encadrée. Les scientifiques ont choisi de s’intéresser plus particulièrement aux bactéries E. coli portées par les veaux, les chiens et les chats car aucune étude n’avait encore été menée sur l’impact de la diminution de l’usage de ces antibiotiques chez ces espèces.
Quant à la colistine, même si elle n’est pas classée comme antibiotique d’importance critique en France, elle est utilisée en dernier recours contre les bactéries multirésistantes en médecine humaine. La découverte de bactéries résistantes à cet antibiotique a conduit à recommander en 2016 de réduire son utilisation pour les animaux d’élevage. L’étude a porté sur les veaux et les porcs, la résistance des Escherichia coli étant plus élevée chez ces animaux.
Capitaliser sur le suivi de l’évolution de l’antibiorésistance sur le long terme
Pour mener leurs études, les scientifiques ont pu s’appuyer sur les données du Résapath (Réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales), qui surveille depuis 1982 l’évolution de la résistance aux antibiotiques chez les animaux domestiques en France.
« C’est une chance d’avoir des données sur une période si longue, explique Claire Chauvin, scientifique dans l’unité Épidémiologie, santé et bien-être du Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses. Le réseau collecte les résultats des tests de résistance aux antibiotiques (antibiogrammes) effectués par les laboratoires vétérinaires sur des bactéries isolées d’animaux dans le cadre de consultations vétérinaires. Cela nous permet de récupérer chaque année des milliers d’antibiogrammes et de souches pour chaque espèce animale. C’est bien plus qu’avec la surveillance obligatoire au niveau européen, qui porte uniquement sur les animaux producteurs de denrées alimentaires au stade de l’abattage. »
Les scientifiques ont confronté les données du Résapath à celles de l’exposition des animaux aux antibiotiques, suivies chaque année au sein de l’Anses par l’Agence nationale du médicament vétérinaire.
Résistance et exposition aux antibiotiques diminuent en parallèle
« Les courbes de la proportion de bactéries résistantes et de l’exposition des animaux aux antibiotiques se superposent, avec seulement un à deux ans de décalage selon les espèces animales », indiquent les scientifiques.
Ainsi, la résistance des E. coli à la colistine a augmenté jusqu’en 2010-2011 avant de diminuer, passant de 40 % de bactéries résistantes à la colistine à 5 à 10 % aujourd’hui, selon les espèces animales.
L’exposition des animaux aux céphalosporines de troisième et quatrième générations et aux fluoroquinolones a diminué respectivement de 94 % et 88 % entre 2011 et 2021. Dans le même temps, la proportion de résistance de E. coli est passée de 20 % à 7 % voire 5%, selon les espèces animales et les antibiotiques.
Si un possible report des usages de ces antibiotiques vers d’autres classes d’antibiotiques de moindre importance pour la santé humaine et animale a été observé, ce report n’a pas entrainé de co-sélection de résistances aux antibiotiques étudiés.
« Plusieurs facteurs ont contribué à la diminution de l’utilisation des antibiotiques en santé animale. La règlementation a été l’un des moteurs, avec des objectifs chiffrés de réduction de l'exposition des animaux aux antibiotiques d’importance critique ou à la colistine, qui ont été atteints et même dépassés. Mais les éleveurs et les vétérinaires n’ont pas attendu les règlementations pour commencer à diminuer le recours aux antibiotiques. La vaccination et l’amélioration des pratiques d’élevage ont également permis de prévenir les infections et donc le besoin d’antibiotiques », estime Lucie Collineau.
Les résultats des deux études montrent que cet effort collectif a porté ses fruits, en diminuant rapidement et durablement la résistance à ces molécules pour atteindre un niveau très bas aujourd’hui.