Des avancées scientifiques au service de la sécurité sanitaire des aliments
La spectroscopie Raman couplée au marquage isotopique : une révolution pour les diagnostics microbiologiques
A l’heure actuelle, deux méthodes existent pour identifier une bactérie pathogène dans un aliment. Chacune présente des limites : les milieux de culture gélosés nécessitent plusieurs jours pour obtenir un résultat, tandis que les méthodes PCR sont rapides mais parfois peu sensibles lorsque les bactéries sont présentes en très faible quantité.
Pour répondre à ces limites, notre laboratoire développe, en partenariat avec Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), une approche innovante basée sur la microspectroscopie Raman couplée au marquage isotopique. Concrètement, l’échantillon alimentaire ou environnemental est préparé afin d’analyser les cellules bactériennes à l’échelle individuelle, sans étape de culture préalable. Les cellules sont ensuite observées au microscope et interrogées à l’aide d’un laser. L’interaction entre le laser et les molécules présentes dans la cellule produit une signature spectrale spécifique, véritable « empreinte chimique » pouvant permettre d’identifier l’espèce bactérienne présente dans l’échantillon. Cette technologie présente plusieurs avantages majeurs. Elle permet notamment de détecter des bactéries pathogènes sans avoir besoin de les cultiver au préalable, y compris lorsqu’elles sont présentes en très faible quantité. Elle peut aussi les distinguer d’autres bactéries présentes dans l’échantillon et déterminer si elles sont vivantes, dormantes ou mortes, ce que les méthodes conventionnelles permettent difficilement. La spectroscopie Raman couplée au marquage isotopique offre ainsi une approche à la fois rapide et fiable, réduisant le risque de faux positifs et de faux négatifs.
Une partie de cette innovation a fait l’objet d’un dépôt d’une demande de brevet. À terme, elle pourrait permettre le développement de systèmes intelligents capables de scanner automatiquement les contaminations microbiologiques avant la mise sur le marché des produits alimentaires.
Thomas Brauge, chargé de projet scientifique, responsable de l’équipe Bactériologie au sein de l’unité Sécurité sanitaire des aliments d’origine aquatique, Laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses, site de Boulogne-sur-Mer
Accompagner la vaccination contre Salmonella dans les élevages de poules pondeuses
En France, les salmonelles sont responsables de plus d’un tiers des cas de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) confirmées. Les œufs et les aliments à base d’œufs crus sont impliqués dans près de la moitié de ces TIAC.
Pour protéger le consommateur, l’arrêté du 27 février 2023, autorise l’utilisation de vaccins vivants atténués contre les salmonelles dans les élevages de poules pondeuses. Cette évolution vise à renforcer les moyens de lutte contre Salmonella dans la filière avicole mais a toutefois soulevé un enjeu important : comment distinguer une souche vaccinale, sans danger pour le consommateur, d’une souche sauvage susceptible de provoquer des toxi-infections alimentaires ?
Or, cette distinction est essentielle : en présence d’une souche sauvage pathogène, les œufs concernés ne peuvent pas être commercialisés et des mesures sanitaires, pouvant aller jusqu’à l’abattage des élevages, doivent être mises en œuvre.
Le Laboratoire national de référence (LNR) Salmonella de l’Anses a accompagné les laboratoires agréés dans le déploiement des méthodes de différenciation des souches de Salmonella vaccinales des souches de Salmonella dites “sauvages”, notamment par l’organisation d’essais inter-laboratoires visant à évaluer ces méthodes et à garantir la fiabilité des analyses réalisées.
Laetitia Bonifait, responsable du laboratoire national de référence pour Salmonella et salmonelloses aviaires, Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins, laboratoire de l’Anses Ploufragan-Plouzané-Niort.
De nouveaux tests pour mieux maîtriser le risque lié à Listeria dans les aliments prêts à consommer
La bactérie Listeria monocytogenes est à l’origine de la listériose, maladie rare mais potentiellement grave, elle est la deuxième cause de décès d’origine alimentaire en France.
La bactérie Listeria monocytogenes a la capacité de se multiplier dans des conditions physico-chimiques variées et particulièrement à des températures réfrigérées, contrairement à d’autres bactéries. C’est pourquoi, elle fait l’objet d’une réglementation spécifique dans certains aliments prêts à consommer, comme les charcuteries ou les fromages qui se conservent au froid.
Sur la base d‘une évaluation des risques, si la bactérie se retrouve dans un aliment, celui-ci est considéré conforme tant que sa concentration reste inférieure à 100 bactéries par gramme durant toute la durée de vie du produit, jusqu’à sa date limite de consommation (DLC). Au-delà de ce seuil, il est considéré comme dangereux pour le consommateur.
La réglementation européenne, en vigueur depuis 2005, a été révisée en 2024 afin de renforcer les études de durées de vie d’un aliment et les exigences associées aux contrôles sanitaires mis en œuvre par les opérateurs de l’agroalimentaire. Le texte précise, pour les aliments considérés à risque, comment les opérateurs doivent démontrer l’absence totale de contamination dans leur produit mis sur le marché, ou comment une faible contamination ne dépassera pas ce seuil de 100 bactéries par gramme jusqu’à la DLC.
Pour ces études, des « tests de croissance » sont réalisés par des laboratoires reconnus par le ministère de l’agriculture. Ils permettent de simuler la multiplication de Listeria dans les aliments et, en cas de contamination détectée, de prédire le niveau de contamination atteint au cours de la durée de vie du produit. Ce réseau français est unique en Europe et est sous la supervision technique du Laboratoire National de Référence Listeria monocytogenes. Au niveau européen, le Laboratoire de Référence de l’Union européenne Listeria monocytogenes apporte un appui scientifique et technique essentiel pour harmoniser les approches reposant sur une parfaite concertation entre opérateurs, laboratoires et autorités sanitaires. Ces deux mandats de référence sont portés par l’Anses et animés par le laboratoire de sécurité des aliments.
Corinne Danan, Cheffe d’unité “Salmonella et Listeria” du Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort, responsable du Laboratoire National de Référence Listeria monocytogenes.
Bacillus cereus : une collaboration franco-belge pour surmonter une crise sanitaire
Depuis 2012, notre laboratoire de sécurité des aliments étudie la bactérie Bacillus cereus et ses toxines, notamment la céréulide, responsable d’intoxications alimentaires. Fin 2025, des suspicions de contamination à l’échelle européenne de laits infantiles par cette toxine ont conduit à une mobilisation forte de nos équipes scientifiques. À cette période, notre laboratoire était le seul en France capable de détecter la présence de céréulide dans les aliments après que sept pays (Autriche, Belgique, Danemark, Espagne, France, Luxembourg et Royaume-Uni) avaient signalé des nourrissons présentant des symptômes gastro-intestinaux suite la consommation de préparations pour nourrissons. Toutefois, la méthode disponible permettait uniquement de confirmer la présence de la toxine, sans pouvoir mesurer précisément sa concentration en cas de faibles teneurs. Face à cette situation d’urgence sanitaire, une collaboration étroite a été mise en place avec notre partenaire belge Sciensano. Les échantillons suspects ont ainsi pu être analysés par leur laboratoire pour évaluer précisément le niveau de contamination des produits.
À la suite de cette crise, notre laboratoire a poursuivi le développement et l’amélioration de sa méthodologie analytique pour quantifier la céréulide dans les aliments et atteindre des valeurs inférieures aux seuils sanitaires recommandés par l’Efsa.
Par ailleurs, depuis cette crise, les industriels doivent désormais surveiller la toxine céréulide, en plus de la bactérie, ce qui n’était pas le cas avant. Des discussions sont au cours au niveau européen et au sein des Etats Membres pour définir si un critère sur ce danger doit faire l’objet d’une modification de la règlementation.
Jacques-Antoine Hennekinne, chef d’unité “Staphyloccus, Bacillus et Clostridium” et directeur adjoint scientifique du laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort.