Formulaire de recherche

anses

Agence nationale de sécurité sanitaire
de l’alimentation, de l’environnement
et du travail

Le projet VirValid

Evaluation comparative de la technique de séquençage haut débit pour la détection des maladies virales en sélection variétale fruitière.

 

Contexte du projet VirValid

De par leur multiplication végétative, les espèces fruitières à pépins ou à noyau sont sensibles aux infections par des agents viraux qui peuvent impacter le rendement ou la qualité des productions fruitières ou du matériel de pépinière. Le dépistage de ces agents en amont du schéma de certification fruitière ou au moment de l’introduction en France de matériel fruitier innovant peut nécessiter aujourd’hui plusieurs années de tests. En effet, il n’existe pas actuellement de méthodes rapides validées ayant un large spectre d’identification pour les agents viraux. Les tests biologiques, assez polyvalents, sont souvent coûteux, longs, peu spécifiques et généralement non exhaustifs. Les techniques de laboratoire sont rapides et de moindre coût mais leur sensibilité est variable et leur polyvalence le plus souvent insuffisante. De plus, ces tests spécifiques ne sont pas disponibles pour l’ensemble des virus affectant les cultures fruitières. Il est donc nécessaire de combiner ces approches pour établir un diagnostic relativement fiable sans toutefois arriver à une certitude d’exhaustivité. Les avancées dans le domaine du séquençage à très haut débit (Next Generation sequencing = NGS) permettent aujourd’hui l'identification de virus à partir d’un échantillon végétal suivi d’une analyse bioinformatique. Une telle approche d’indexage représente potentiellement une technique généraliste, capable de détecter sans a priori n'importe quel agent viral. Ces techniques restent cependant largement limitées aux laboratoires de recherche. 

 

Objectifs du projet VirValid

Le projet VirValid vise à lever un verrou majeur pour l’adoption de ces nouvelles approches extrêmement performantes, en permettant leur validation par une comparaison directe avec les autres techniques actuellement utilisées (indexage biologique, ELISA, PCR). Il cible 5 espèces fruitières représentatives (pêche, abricot, cerise, pomme, poire), ce qui assurera un impact large des résultats et une capacité à les généraliser à l’ensemble des espèces de la filière. Il réunit 5 partenaires de compétences reconnues et complémentaires et qui sont des porteurs d’enjeu dans l’adoption de ces nouvelles méthodologies. La validation des approches innovantes sera réalisée par une comparaison directe avec les techniques de référence actuellement utilisées dans des laboratoires réalisant le diagnostic fruitier dans le cadre de la certification ou de la quarantaine. L’ensemble des données obtenues renseignera, dans le contexte des différentes espèces, sur les performances comparées et les critères de performance (sensibilité, fiabilité, reproductibilité) de la technologie NGS et des techniques actuellement utilisées dans la pratique. Par leur validation, le présent projet doit jouer un rôle critique dans la diffusion et l’adoption de ces nouvelles techniques de diagnostic des infections virales chez les espèces fruitières, fiabilisant les résultats et réduisant les coûts et les délais d’indexage. Il doit ainsi contribuer à améliorer la qualité des plants fruitiers et à permettre une diffusion plus rapide des nouvelles variétés certifiées auprès des pépiniéristes ou des agriculteurs.

Soutiens et financement

Projet soutenu par la section arbres fruitiers du C.T.P.S.

Projet labélisé par le RMT VegDiag (Action 2 : nouvelles technologies)

Projet financé par le Ministère de l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt

 

Les partenaires du projet VirValid

Partenaires Correspondant
ANSES – Laboratoire de la santé des végétaux – Unité Bactériologie-Virologie – OGM (Angers) (Organisme chef de file)

P. Gentit (Responsable scientifique)

pascal.gentit@anses.fr

ANSES – Laboratoire de la santé des végétaux – Unité de quarantaine (Clermont-Ferrand)

JP. Renvoisé 

jean-philippe.renvoise@anses.fr

INRA – Institut national de la recherche agronomique (Bordeaux)

T. Candresse (Responsable scientifique)

thierry.candresse@inra.fr

Ctifl – Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes (Lanxade)

Y. Brans 

brans@ctifl.fr

C.E.P – Centre d’expérimentation de la pépinière (Lyon)

E. Grillet et J. Champeix

cep.pepinieres@wanadoo.fr

 
 

Comité de Pilotage

Le comité de pilotage comprend les partenaires et deux partenaires associés J.M. Audergon (INRA, Avignon) jean-marc.audergon@inra.fr et C. Dirwimmer (GEVES – Secrétaire de la section arbres fruitiers du CTPS) carole.dirwimmer@geves.fr

 

Programme des actions

Prévu pour une durée de deux ans, le projet se compose de 3 actions scientifiques et d’une action de coordination.

  • Action 0 : coordination du projet
  • Action 1 : essais comparés des critères de performance des techniques classiques d’analyses (indexage biologique, sérologie ELISA et PCR) et des méthodes NGS à partir de matériel de statut d’infection connu,
  • Action 2 : comparaison de la limite de détection (LOD) des différentes stratégies (NGS, sérologie ELISA, PCR). Travail réalisé en adaptant le protocole proposé par l’OEPP (Réf PM7/98).
  • Action 3 : validation de la méthode NGS en tant qu’outil prospectif par rapport aux méthodes conventionnelles sur du matériel infecté d’étiologie mal définie ou inconnue (variétés en cours d’introduction en France, matériel transitant par la quarantaine fruitière).

L’ensemble des données obtenues renseignera, dans le contexte des différentes espèces, sur les performances comparées de la technologie NGS et des techniques actuellement utilisées.

 

Résultats attendus

Les techniques développées seront immédiatement disponibles pour les partenaires du projet, leur permettant une efficacité accrue dans la conduite de leurs missions respectives qui contribuent toutes à la diffusion et/ou à la mise en circulation de matériel végétal fruitier destiné aux professionnels. Il s’agit de proposer une nouvelle approche dans le diagnostic sanitaire avec la perspective de la réévaluation des coûts du matériel végétal de plantation pour les espèces ciblées (espèces fruitières ligneuses) et un raccourcissement des délais entre l’obtention ou l’introduction de nouvelles variétés et leur diffusion aux agriculteurs sous forme de plants sains.