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marianne anses

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Mis à jour le 07/04/2021

Les coronavirus, des virus partagés par les animaux et les Hommes

Mots-clés : Coronavirus, Zoonoses, Maladies animales, Santé animale

Si les coronavirus se sont retrouvés sur le devant de la scène avec la Covid-19, cette famille de virus est connue depuis longtemps, notamment pour les maladies qu’elle provoque chez les animaux. Celles-ci sont variées mais atteignent principalement les systèmes respiratoires et digestifs.  Ces vingt dernières années, les coronavirus ont été responsables chez l’Homme de trois épidémies à syndromes respiratoires aigus sévères: le Sars-CoVS en 2003, le Mers-CoV en 2012 et enfin le Sars-Cov2 en 2019. Ces trois virus émergents ont tous pour ancêtre des virus isolés chez différentes espèces de chauves-souris. Ils ont vraisemblablement franchi la barrière inter-espèces en passant d’abord par un autre mammifère puis à l’Homme. Depuis de nombreuses années, l’Anses mène avec ses partenaires institutionnels des travaux de recherche autour des mécanismes de transmission inter-espèces des coronavirus. 

Que sont les coronavirus ? 

Les coronavirus sont une famille regroupant de nombreux virus. Ils touchent de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux, certains peuvent se transmettre à l’Homme ou lui être spécifiques. Les maladies qu’ils provoquent sont variées mais touchent principalement les systèmes respiratoires et digestifs. Ils ont en commun la particularité d’être fortement transmissibles. En matière de santé animale, de nombreux coronavirus sont connus, que ce soit chez les chiens, les chats, les porcs, les ruminants, les chevaux, les dromadaires, les oiseaux ou la faune sauvage, notamment les chauves-souris.

Quelles maladies provoquent-ils ?

La gravité des infections provoquées est très variable. En médecine vétérinaire, les infections par ces virus sont fréquentes. Elles peuvent avoir un impact économique non négligeable, particulièrement dans les élevages de jeunes ruminants, de porcs ou chez le poulet et la dinde. Les volailles peuvent par exemple être contaminées par le coronavirus de la bronchite infectieuse, les dindes et les pintades ayant en plus des coronavirus qui les infectent spécifiquement au niveau digestif. Les porcs sont eux sujets aux virus de la diarrhée épidémique porcine, de la gastroentérite transmissible ou au coronavirus respiratoire porcin. Les chats peuvent contracter le virus de la péritonite infectieuse féline, une maladie mortelle, tandis que les jeunes chevaux et les jeunes bovins sont atteints de troubles digestifs. Enfin, l’impact de l’infection de la faune sauvage (chauves-souris, hérissons, rongeurs..) est inconnu. 

Comment les coronavirus se transmettent-il d’une espèce à une autre ? 

L’épidémie de Covid-19 nous rappelle que les mutations des coronavirus peuvent parfois leur permettre de changer d’hôte. En effet, ces virus ont la capacité d’évoluer rapidement par des modifications de leur matériel génétique, qui mute fréquemment. Ils peuvent également se recombiner, c’est-à-dire échanger des portions de génome, ce qui peut se produire si deux coronavirus différents co-infectent une même cellule hôte. Cette évolution peut leur conférer la capacité de toucher de nouveaux organes cibles ou de s'adapter à de nouvelles espèces hôtes. Ces nouveaux virus peuvent être particulièrement pathogènes car la nouvelle espèce hôte n’y étant pas habituée, elle n’a pas les défenses immunitaires nécessaires pour répondre efficacement à cette nouvelle infection. Cependant, si ces évènements ont été assez fréquemment détectés dans un passé récent (le virus de la Covid-19 est le troisième coronavirus qui passe de l’animal à l’Homme en une vingtaine d’années), le phénomène n’est pas nouveau : un des virus responsables du rhume chez l’homme, le coronavirus OC43, est estimé avoir évolué à partir de la transmission à l’homme du coronavirus bovin, à la fin du XIXème siècle.

Que fait l’Anses sur les coronavirus ?

L’Anses mène divers travaux sur les coronavirus chez les volailles, les porcs, les chats et la faune sauvage. La survenue de l’épidémie de la Covid-19 a renforcé ses travaux sur le sujet, notamment sur la possibilité de transmission inter-espèce et les techniques de traitement et de diagnostic selon des approches qui pourraient être intéressantes dans une démarche de virologie comparée  En voici quelques exemples :

Connaître les virus en circulation chez les animaux 

Les trois laboratoires Anses de la Rage et de la faune sauvage à Nancy, de Santé animale à Maisons Alfort et de Ploufragan-Plouzané-Niort ont participé au projet ANR EPICOREM de 2014 à 2018. Coordonné par le Centre hospitalier universitaire de Caen, ces travaux ont permis de mettre en évidence la diversité importante de coronavirus qui circulent au sein des populations animales domestiques et sauvages en France et en Europe. De nouvelles espèces virales ont été décrites chez l’Homme et dans la faune domestique et sauvage. En parallèle, les chercheurs ont suivi l’évolution d’un Betacoronavirus, groupe-frère des Sars-CoV au sein d’une colonie de chauves-souris. Ce volet a permis de comprendre la dynamique d’évolution du virus au sein d’une population hôte.

Actuellement, le laboratoire de santé animale d’Alfort coordonne le projet européen MuseCov auquel participent aussi deux autres laboratoires de l’Anses (le laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort et le laboratoire de Nancy). Il vise à mieux comprendre la diversité des souches de coronavirus circulant dans les populations animales, dont le SARS-CoV2. L’objectif est de mieux connaître la dynamique des infections par les coronavirus dans diverses populations animales et de détecter rapidement l’émergence de variants particulièrement pathogènes.

Enfin, le laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort s’intéresse aux mutations et aux mécanismes moléculaires qui accompagnent la transmission des coronavirus aviaires chez les différentes espèces de volailles ou qui autorisent les remaniements génétiques chez les coronavirus porcins.

Mieux comprendre les mécanismes de transmission inter-espèces

L’unité mixte de recherche de Virologie (EnvA-Inrae-Anses) du laboratoire de Santé animale à Maisons-Alfort mène, en lien avec une équipe Inserm, un projet de recherche sur les déterminants moléculaires de pathogénicité du coronavirus félin. Ce virus peut provoquer chez le chat une maladie mortelle appelée péritonite infectieuse féline. Les mécanismes qui favorisent le passage de la barrière inter-espèce sont étudiés. Ces travaux sont réalisés en collaboration avec le laboratoire de la rage et de la faune sauvage à Nancy, sur les interactions possibles avec les coronavirus présents dans la faune sauvage, et celui de Ploufragan-Plouzané-Niort, sur les coronavirus aviaires.


Développer les techniques de diagnostic et de traitement

Le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort développe des méthodes de diagnostic moléculaire ou sérologique des coronavirus aviaires et porcins. Un projet, débuté fin 2019 vise à mettre au point un test sérologique (ELISA), permettant de détecter des anticorps produits en réponse à une infection par la souche européenne du coronavirus de la dinde (Tcov), qui n’existe pas pour le moment. 
Le laboratoire de la rage et de la faune sauvage a développé les méthodes de diagnostic moléculaire et sérologique de l’infection des visons par le Sars-CoV-2 pour réaliser la première enquête au sein des élevages français. Ceci a permis de détecter un des quatre élevages comme contaminés avec plus de 90% des animaux ayant une réponse positive en sérologie. 

Du côté des traitements, le laboratoire de la Rage et de la faune sauvage a participé quant à lui au projet Timing, financé par l’ANR et coordonné par INRAE. Il a étudié l’effet bénéfique ou délétère des interférons de type I. Il s’agit de petites protéines produites naturellement dans le corps en réponse à une infection virale. De nombreuses études ont montré qu’un défaut de production de ces interférons par l’organisme serait associé au développement de formes sévères de la COVID-19. Cependant, les interférons de type I ne sont pas toujours bénéfiques, car ils peuvent provoquer une inflammation excessive. Le projet Timing a permis de montrer sur modèles animaux que seule l’administration très précoce de l’interféron (avant l’infection ou juste après) était bénéfique et que contrairement à l’hypothèse, l’administration tardive n’était pas délétère. 

Appréhender l’évolution génétique des coronavirus 

Par ailleurs, les coronavirus ont un fort potentiel d’évolution, par des événements de mutation, voire de recombinaison, puis de sélection. Depuis 2018, le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort étudie l’évolution génétique des coronavirus du poulet (IBV) et de la dinde (TCoV). Depuis 2018, l’unité étudie notamment l’évolution génétique de coronavirus aviaires en présence d’une vaccination ou non. Les résultats ont montré que l'évolution génétique d’un coronavirus aviaire est très rapide (dès le premier passage chez les sujets non vaccinés) et différente chez les sujets vaccinés et non vaccinés. Ces résultats permettent de mieux appréhender l’évolution de coronavirus en présence d’une immunité vaccinale. 

Évaluer la transmissibilité de la Covid-19 de l’animal à l’Homme

L’Agence a par ailleurs été sollicitée pour rendre des avis sur les risques de transmission du virus SARS-Cov-2 de l’animal à l’Homme. Elle a ainsi déterminé que, même si certaines espèces, comme les chats, les furets, les visons et les hamsters étaient sensibles au Covid-19, les animaux domestiques et les animaux sauvages ne jouent aucun rôle dans le maintien et la propagation du SARS-CoV-2 en France, où la diffusion du virus est le résultat d'une transmission interhumaine par voie respiratoire. Cependant, le risque de constitution d’un réservoir animal existe. L’Anses recommande donc d’être particulièrement vigilant lors des contacts entre l’Homme et les espèces capables d’héberger le virus (chats, visons…), en cas de densité importante d’animaux, et de promiscuité animal-Homme, particulièrement en milieu clos ou confiné.

Éviter l’exposition au coronavirus en milieu professionnel

Dans le cadre de ses missions sur la santé au travail, l’Anses a également émis des recommandations sur les mesures à adopter pour éviter les contaminations en milieu professionnel autres que les soins et la santé. Elle mène également un projet de recherche, SACADA, visant à identifier comment le virus circule dans les ateliers de préparation de la viande et à proposer des mesures de prévention adaptées. De par leurs caractéristiques notamment le froid, l’humidité et la nécessité de faire des efforts physiques, ces milieux professionnels sont en effet favorables à la propagation du virus entre travailleurs.

Photo : Centers for Disease Control and Prevention