L'Anses possède plus de 60 mandats de référence nationaux dans plusieurs secteurs, la santé animale, la santé du végétal et la sécurité des aliments.

Sécurité des aliments

Mandat	Laboratoire	Rapport d'activité 2015
Contrôle des biotoxines marines	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Eaux destinées à la consommation humaine, les eaux minérales naturelles et les eaux de loisirs : chimie des eaux	Laboratoire d'hydrologie de Nancy
Eaux destinées à la consommation humaine, les eaux minérales naturelles et les eaux de loisirs : microbiologie des eaux	Laboratoire d'hydrologie de Nancy
Histamine dans les produits de la pêche et de l'aquaculture	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (antenne de Boulogne)
Vibrio sp dans les produits de la pêche	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (antenne de Boulogne)
Echinococcus sp.	Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy
Lait et produits laitiers (en particulier la qualité sanitaire du lait cru)	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Eléments traces métalliques dans les denrées alimentaires d’origine animale	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Listeria monocytogenes	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Résidus de pesticides selon des méthodes monorésidus	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort et Laboratoire de Sophia-Antipolis (LNR associé)
Parasites transmis par les aliments, hormis Echinoccocus sp.	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Pesticides dans les denrées alimentaires d’origine animale et produits à forte teneur en matière grasse (groupes B2c, B3a et B3b selon l’annexe I de la directive 96/23/CE du Conseil)	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort et Laboratoire de Sophia-Antipolis (LNR associé)
Staphylocoques à coagulase positive, y compris Staphylococcus aureus et entérotoxines staphylococciques	Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort
Salmonella sp.	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané et Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LNR associé)
Campylobacter spp.	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Résistance anti-microbienne	Laboratoire de Fougères et Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LNR associé), Laboratoire de Lyon (LNER associé), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané (LNR associé)
Résidus de médicaments vétérinaires et colorants dans les denrées alimentaires d'origine animale et aliments pour animaux (groupes A6, B1, B2a, B2b, B2d, B2e, B2f (sauf glucocorticoïdes), B3e selon l’annexe I de la directive 96/23/CE du Conseil)	Laboratoire de Fougères