L'Anses possède plus de 60 mandats de référence nationaux dans plusieurs secteurs, la santé animale, la santé du végétal et la sécurité des aliments.

Santé animale

Mandat	Laboratoire	Rapport d'activité 2015
Brucellose	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort (centre national de référence associé)
Anémie infectieuse des équidés	Laboratoire de pathologie équine de Dozulé
Artérite virale équine	Laboratoire de pathologie équine de Dozulé
Brucelloses animales (y compris pour le contrôle officiel des brucellines)	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Botulisme aviaire	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Chlamydiose aviaire	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Dourine	Laboratoire de pathologie équine de Dozulé
Encéphalites virales des équidés : encéphalite West-Nile	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Encéphalopathies spongiformes transmissibles	Laboratoire de Lyon
Fièvre catarrhale ovine : diagnostic virologique	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Fièvre aphteuse	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Fièvre charbonneuse	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Fièvre Q	Laboratoire de Sophia-Antipolis
Fièvre de la vallée du Rift - diagnostic sérologique	Laboratoire de Lyon
Maladie d'Aujeszky	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Maladie hémorragique épizootique du cerf	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Herpèsviroses équines	Laboratoire de pathologie équine de Dozulé
Hypodermose bovine	Laboratoire de Niort
Rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR)	Laboratoire de Niort
Influenza porcin	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Influenza aviaire	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Leucose bovine enzootique	Laboratoire de Niort
Maladies réglementées des poissons	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Métrite contagieuse des équidés	Laboratoire de pathologie équine de Dozulé
Morve	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Mycoplasmoses aviaires	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Maladie de Newcastle	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Peste équine	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Peste porcine africaine	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Peste porcine classique	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Rage	Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy
Salmonelloses aviaires	Laboratoire de Ploufragan-Plouzané
Santé des abeilles	Laboratoire de Sophia-Antipolis
Stomatite vésiculeuse	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Tuberculose (y compris pour le contrôle officiel des réactifs destinés aux analyses notamment des tuberculines)	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Tularémie (forme clinique)	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort
Maladie vésiculeuse des suidés	Laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort