Le laboratoire de référence développe et valide les méthodes d’analyses officielles vis-à-vis des pathogènes ou contaminants pour lesquels il a été désigné et les transfère aux laboratoires destinés à être agréés. L'Anses possède plus de 60 mandats de référence nationaux dans plusieurs secteurs, la santé animale, la santé du végétal et la sécurité des aliments.

Mandat	Laboratoire	Rapport d'activité 2016
OGM dans le maïs (parties végétatives), pommes de terre, betteraves, riz, coton, blé et espèces potagères (semences et parties végétatives)	Laboratoire de la santé des végétaux - Angers
Bactéries sur autres matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Angers
Phytoplasmes sur toutes matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Angers
Autres virus	Laboratoire de la santé des végétaux - Angers
Viroïdes sur toutes matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Angers
Plantes invasives	Laboratoire de la santé des végétaux - Montpellier
Insectes, acariens phytoparasites et auxiliaires sur toutes matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Montpellier
Champignons sur toutes matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Nancy
Nématodes phytoparasites sur toutes matrices	Laboratoire de la santé des végétaux - Rennes
Bactéries sur bananier, agrumes et plantes tropicales	Laboratoire de la santé des végétaux - St Denis de la Réunion
Virus sur bananier et plantes tropicales	Laboratoire de la santé des végétaux - St Denis de la Réunion
Virus de la Sharka (PPV), virus de la pomme de terre et virus sur agrumes	Laboratoire de la santé des végétaux - Clermont-Ferrand