Formulaire de recherche

marianne anses

Unité Épidémiologie et appui à la surveillance du laboratoire de Lyon

Chef d’unité : Jean-Philippe Amat
 
Cheffe d’unité adjointe : Viviane Hénaux

 

L’unité conduit des activités de recherche et d’appui à la surveillance dans les domaines de la santé animale, de la santé végétale et de la sécurité de la chaîne alimentaire. Elle est composée d’épidémiologistes, de biostatisticiens, d’informaticiens et d’administrateurs de bases de données, ainsi que d’une secrétaire technique. Des doctorants et des stagiaires de troisième cycle viennent compléter cet effectif.

Activités de surveillance

L’unité assure des missions d’animation et d’appui scientifique et technique à plusieurs dispositifs de surveillance coordonnés par l’Agence :

  • Résapath : réseau d'épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales en France,
  • Vigimyc : réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants,
  • Réseau Salmonella : réseau national d'épidémiosurveillance des salmonelles d’origine non humaine sur l'ensemble de la chaîne alimentaire,
  • Resumeq : réseau de surveillance des causes de mortalité des équidés.

L’unité apporte également un appui ponctuel aux missions des laboratoires nationaux de référence dans le domaine de l’épidémiologie et de la surveillance (encéphalopathies spongiformes transmissibles , Xylella, antibiorésistance …). Par ailleurs, l’unité anime un consortium visant à mettre en place un réseau de surveillance de l’antibiorésistance en médecine vétérinaire à l’échelle européenne (EARS-Vet).

L’unité coordonne les plateformes d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA) et en santé végétale (ESV), en collaboration avec la Direction générale de l’alimentation (DGAL) et Inrae (Institut national de recherche pour l’agriculture et l’environnement). Elle anime et contribue à plusieurs groupes de travail de ces plateformes, ainsi que de la plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA)  et à leurs dispositifs de surveillance via son expertise en épidémiologie, en biostatistiques et en informatique (sites web, applicatifs) :

  • Plateforme d’épidémiosurveillance santé animale : Observatoire de la mortalité des animaux de rente (OMAR bovins/équidés) et Surveillance de la tuberculose dans la faune sauvage (Sylvatub)
  • Plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire : Optimisation nationale des dispositifs d’épidémiosurveillance de Salmonella (ONDES) et Qualité des données des plans de surveillance – plans de contrôle, animation du réseau d’acteurs (Qualiplan)
  • Plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale : surveillance de Xylella fastidiosa (dont application Shiny) et contribution à l’édition des Bilans sanitaires et des fiches de reconnaissance des organismes nuisibles réglementés ou émergents

L’unité participe à la veille sanitaire nationale et internationale sur les dangers sanitaires majeurs des trois domaines et édite des bulletins dédiés (ESA, ESV, SCA). Elle contribue également au groupe de suivi inter-plateformes dédié à la qualité des données en surveillance et participe à l’élaboration et à l’évolution des méthodologies d’évaluation des systèmes de surveillance (méthode Oasis et autres types d’évaluation).

Dans le cadre de l’appui au ministère en charge de l’Agriculture et aux instances internationales, l’unité coordonne la rédaction et l’édition du Bulletin Epidémiologique Santé animale - Alimentation porté par la DGAL et l’Anses. Elle traite, analyse et transmet les données nationales de surveillance des zoonoses et de l’antibiorésistance à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa). Enfin, elle appuie les actions de l’Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) et de ses États membres dans le cadre du mandat de l’Anses de Centre de référence FAO pour l’antibiorésistance.

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’unité ont pour finalité d’améliorer les méthodes de surveillance épidémiologique et de mieux comprendre les déterminants de l’état de santé des populations, dans les domaines de la santé animale, de l’antibiorésistance, de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé végétale. Ces activités sont réalisées dans le cadre de programmes de financement nationaux ou européens. Elles portent sur cinq domaines : épidémiologie de l’antibiorésistance, épidémiologie descriptive, surveillance syndromique, évaluation et amélioration des dispositifs de surveillance et évaluation du risque. L’unité initie également des travaux d’évaluation de l’apport des méthodes de séquençage haut débit (WGS) dans l’amélioration de la surveillance.

Principaux projets de recherche en cours ou récents

  • SURICATE (2016-2019)

Antibiorésistance en santé animale en France : caractérisation à des fins d’évaluation et de lutte et mises en perspective dans un contexte One Health

Financement : ministère de l’Agriculture, École nationale des services vétérinaires, Anses, Inrae

Ce travail de thèse a permis d’étudier l’épidémiologie comparative de l’antibiorésistance des Escherichia coli chez les animaux d’élevage et l’Homme, la représentativité et de la couverture du réseau Résapath, les résistances multiples des E. coli aux antibiotiques chez les animaux et l’évolution des tendances de l’antibiorésistance chez les animaux malades en élevage, chez les équidés et chez les animaux domestiques.

  • RESAVEL (2016-2019)

Résistance aux antibiotiques chez les veaux d’élevages laitiers

Financement : plans EcoAntibio (DGAL)

L’influence de l’exposition aux antibiotiques sur l’antibiorésistance a été évaluée chez les E. coli de la flore digestive des veaux en élevage laitier, faisant suite à des travaux d’évaluation qualitative et quantitative des liens entre l’usage des antibiotiques et l’antibiorésistance chez les veaux de boucherie.

  • ENVIRE (2021-2024)

Évaluation de l'efficacité d'interventions individuelles et groupées pour améliorer le contrôle de la diffusion d'antibiorésistance à partir des volailles via l'environnement

Financement : Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance HARISSA (initiative européenne de programmation conjointe sur l’antibiorésistance – Agence nationale pour la recherche)

Le projet Envire a pour finalité de réduire la diffusion de l’antibiorésistance dans les élevages de volailles et dans l’environnement, afin de réduire les risques pour l’Homme. L’impact de différents types d’interventions en élevage sera évalué : élevage sans antibiotique, vaccination contre E. coli, utilisation de bactériophages et de la phytothérapie comme alternative aux antibiotiques, traitement des effluents d’élevage. Cinq pays européens et la Tunisie participent au projet, qui comportera des études expérimentales et des études sur le terrain. L’unité développera un modèle d’analyse quantitative des risques de contamination de l’Homme via l’alimentation et l’activité professionnelle.

  • SEDUIRE (2016-2019)

Évaluation par simulation de l’efficience du dispositif français de surveillance et de lutte de la fièvre catarrhale ovine

Financement : Anses-Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement)

Cette thèse a permis d’évaluer les coûts et l’efficacité du système de surveillance de la fièvre catarrhale ovine et de modéliser la dynamique de la population des culicoïdes (insectes vecteurs de la maladie) et son influence sur la surveillance en France.

  • BRUSELE (2017-2020)

Évaluation de l’efficience du système de surveillance-lutte de la brucellose bovine : pistes d’amélioration et impact socio-économique

Financement : ministère de l’Agriculture, Anses

Dans le cadre de la thèse « Brusele », la production et la circulation d’informations pour la surveillance événementielle en santé animale ont été caractérisées selon l’organisation locale des acteurs, grâce aux outils de sociologie des organisations. Ces travaux ont fait suite à l’évaluation des coûts et de l’efficacité du système de surveillance de la brucellose bovine.

  • ValDonEqui & EVADE (depuis 2016)

Valorisation combinée des données démographiques et sanitaires équines

Estimation de la répartition de la population équine en France : apport des méthodes de statistiques spatiales appliquées aux différentes sources données

Financement : Institut français du cheval et de l'équitation – Fonds Eperon – Anses

Dans le cadre du projet ValDonEqui, et plus particulièrement d’une de ses composantes qui s’appuie sur une thèse d’université (EVADE, 2017-2021), la qualité de données démographiques de la population équine et les possibilités de leur utilisation dans un but de recherche et de surveillance ont été évaluées.

  • OMAR (depuis 2013)

Observatoire de la mortalité des animaux de rente (bovins, équidés)

Financement : Direction générale de l’alimentation, GDS France, Anses

Le projet Omar est une illustration des travaux de recherche de l’unité sur la surveillance syndromique (suivi en continu d’un ou plusieurs indicateurs non spécifiques du danger surveillé, permettant d’assurer sa détection précoce et d’évaluer le risque sanitaire associé), qui ont été menés jusqu’à leur passage à un stade opérationnel (preuve de concept). Plusieurs thèses d’université ont été conduites sur la surveillance syndromique, dont une spécifiquement sur le projet Omar.  Celle-ci a permis de modéliser les données de mortalité bovine et de développer des modèles de détection d’anomalies spatiales et/ou temporelles, à partir des données d’équarrissage et de traçabilité des mouvements de bovins. Deux autres thèses ont étudié la faisabilité de modèles de surveillance syndromique fondés sur les données d’abattoir et de reproduction bovine. Ces études ont aussi permis de définir une typologie des élevages bovins et de lancer une thèse sur l’évaluation de l’impact du choix d’agrégation spatiale et temporelle des données sur les modèles de surveillance syndromique (Ustenssyle, 2019-2022). Les travaux ont été étendus plus récemment à la filière équine.

  • Température et mortalité bovine (depuis 2014)

L’unité conduit des travaux d’évaluation de la relation entre la température et la mortalité bovine, en particulier pour évaluer l’impact des épisodes thermiques extrêmes (canicules, vagues de froid), en utilisant différents modèles de régression dont des modèles non linéaires à décalage distribués.

  • NOVA (2018-2021)

Nouvelles approches pour le design et l’évaluation d’une surveillance efficiente de la chaîne alimentaire

Financement : EJP One Health

Une évaluation de l’intérêt d’approches multivariées de surveillance syndromique des dangers en sécurité sanitaire des aliments est réalisée à travers le projet européen Nova, en prenant en particulier les salmonelles comme exemple d’application.

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  • MATRIX (2020-2022)

Connecting dimensions in one-health surveillance

Financement : EJP One Health

Le projet européen Matrix cherche à caractériser et à évaluer la surveillance intégrée, comprenant la santé humaine, la santé animale et l’environnement (approche One Health). L’unité contribue à développer un outil générique permettant de décrire et d’évaluer l’organisation, le fonctionnement des activités opérationnelles et l’impact de la surveillance intégrée, et à définir des bonnes pratiques en matière de surveillance One Health.

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  • Surv1Health (2020-2023)

La surveillance de l’antibiorésistance en France : un système One Health ?

Financement : plans EcoAntibio (DGAL)

L’objectif est de cartographier les dispositifs de surveillance de l’antibiorésistance mis en place dans les différents secteurs (santé humaine, santé animale et environnement), d’évaluer les collaborations entre ces dispositifs ainsi que les freins et les motivations à leur mise en place, et d’identifier des pistes d’amélioration dans une perspective de surveillance intégrée. L’outil d’évaluation des collaborations ECoSur sera utilisé.

  • MOOD et DELSSA (2020-2023)

Monitoring outbreak events for disease surveillance in a data science context

Deep learning pour la surveillance en santé animale

Financement : programme Horizon 2020

Le projet européen Mood a pour objectif de mobiliser les techniques récentes d’analyse et de visualisation de données, dont le big data, pour améliorer la surveillance des maladies (ré)émergentes, l’analyse et la gestion de risque. Des outils seront développés à destination de différents types d’utilisateurs (grand public, gestionnaires et évaluateurs de risque, etc.) pour le suivi des tendances et des anomalies, la cartographie du risque et l’accès aux résultats de modèles de diffusion des maladies. Dans l’un des volets ( DELSSA ), l’unité évaluera l’intérêt des méthodes d’intelligence artificielle (Deep learning) pour identifier des phénomènes sanitaires émergents et quantifier l’impact de menaces potentielles sur la santé humaine ou animale, et proposera une méthode pour la détection spatio-temporelle des anomalies.

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  • REACTOSURV (2021-2024)

Réactovigilance en santé animale en France : état des lieux et pistes d’évolution

Financement : Anses-GDS France

Cette thèse comprendra une évaluation du système de surveillance des dérives de réactifs de laboratoire (défauts de sensibilité, de spécificité…) en filière ruminants en France et étudiera la faisabilité d’un dispositif complémentaire de suivi en temps-réel, via le développement et l’application de méthodes de modélisation et d’analyse de séries temporelles à des fins de détection d’anomalies.

  • COVRIN (2021-2023)

One Health research integration on SARS-CoV-2 emergence, risk assessment and preparedness

Financement : EJP One Health

Les objectifs du projet sont d’identifier les déterminants de l’émergence et de la diffusion du SARS-CoV2 et de développer des modèles d’évaluation du risque sur ce virus. L’unité est impliquée dans le volet consacré à la surveillance et à l’évaluation du risque (interface animal-Homme), plus particulièrement sur l’intégration des activités de surveillance et la cartographie des données de surveillance : comparaison des activités de surveillance entre pays, identification des partenaires clés en vue d’une surveillance intégrée.

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