Formulaire de recherche

marianne anses

Unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB) du laboratoire de Lyon

Chef d’unité : Jean-Yves Madec
 
Cheffe d’unité adjointe : Marisa Haenni

 

L’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB) contribue aux politiques nationales et internationales de lutte contre la résistance aux antibiotiques. Elle est composée de huit personnels permanents, dont trois chercheurs et cinq ingénieurs ou techniciens. Elle accueille régulièrement des étudiants à différents stades de leur cursus universitaire (master, thèse, post-doctorat).

L'unité participe au renforcement des dispositifs de surveillance (réseaux Résapath et EARS-Vet (European Antimicrobial Resistance Surveillance network in veterinary medicine)). Elle est également impliquée dans les actions stratégiques nationales (rapport Carlet, plans Ecoantibio, feuille de route interministérielle pour la maîtrise de l’antibiorésistance, Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance).

Activités de recherche

L’unité contribue à une meilleure compréhension du risque pour l’Homme provenant de l’antibiorésistance des bactéries des animaux et de l’environnement. Elle met en œuvre des approches de microbiologie conventionnelle, moléculaire, génomique et fonctionnelle. Les axes de recherche portent notamment sur les flux de gènes entre l’animal, l’environnement et l’Homme (approche « One Health ») et l’impact de l’exposition aux antibiotiques sur les microbiotes. Dans le cadre de la recherche d’alternatives limitant l’impact des antibiotiques, l’unité s’est aussi engagée dans le champ de la phagothérapie. Elle participe à des programmes européens (EJP One Health) et internationaux (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), FAO). Enfin, elle contribue à une approche interdisplicinaire de l’antibiorésistance, incluant l’apport des sciences humaines et sociales.

Principaux projets de recherche en cours

  • DYASPEO (2021-2027)

Dynamiques de diffusion, persistance et évolution de l'antibiorésistance entre l'Homme, l'animal et leur environnement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les stratégies de contrôle de la transmission de l’antibiorésistance de l’animal à l’Homme sont principalement centrées sur la chaine alimentaire. Pour autant, c’est le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) transmis à l’Homme par contact avec le porc - et non par l’alimentation - qui a entrainé la seule crise politique majeure en Europe depuis 20 ans. Dyaspeo fait l’hypothèse que le contact avec un animal de compagnie (un foyer sur deux en France) joue également un rôle, et associe des compétences en médecine humaine, vétérinaire, sciences sociales, génomique, mathématiques, modélisations in vitro/in vivo, pour clarifier cette question.

  • Seq2Diag (2021-2026)

Séquençage du génome entier et intelligence artificielle pour caractériser et diagnostiquer la résistance aux antibiotiques et la capacité d'échapper au traitement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les techniques de séquençage du génome bactérien ont révolutionné notre compréhension de l’antibiorésistance. Seq2Diag vise une preuve de concept de leur utilisation dans les laboratoires de médecine humaine et vétérinaire comme outil de diagnostic in silico de sensibilité aux antibiotiques. Ce projet associe des compétences en microbiologie humaine et animale, génomique, pharmacologie et intelligence artificielle. Ces travaux permettront également de découvrir de nouveaux mécanismes de résistance et d’échappement au traitement.

  • NAILR (2021-2026)

Nouveaux anti-infectieux à résistance limitée

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Face au déficit de nouveaux agents antimicrobiens, NAILR étudie quatre composés d’une nouvelle famille de peptidomimétiques. Le consortium réunit des microbiologistes, biochimistes, structuralistes, vétérinaires, cliniciens, pharmacologues, écologues et experts du microbiome intestinal pour déterminer le spectre complet de l’activité antimicrobienne de ces composés :bactéricidie, synergie/antagonisme avec les antibiotiques existants, mécanismes d'action, de résistance et cible(s), paramètre pharmacocinétique/pharmacodynamique et efficacité expérimentale, impact sur le microbiote intestinal et le métabolome humain, stabilité dans l'environnement et impact sur les communautés microbiennes.

  • Full_Force (2020-2022)

Full-length sequencing for an enhanced effort to map and understand drivers and reservoirs of antimicrobial resistance

Financement: European Joint Program One Health (EJPOH)

La surveillance génomique de l’antibiorésistance doit s’appuyer sur des approches méthodologiques qui permettent de mieux différentier la transmission des clones bactériens de celle des éléments génétiques mobiles (plasmides). À partir de contextes humain et vétérinaire choisis, le consortium européen Full_Force porte son effort sur l’harmonisation des technologies de séquençage long-read et leur contribution à une meilleure compréhension des flux de gènes d’antibiorésistance dans une approche One Health.

En savoir plus sur EJP One Health

  • Pre-Empt (2021-2023)

High-throughput identification of antibiotic resistance progenitors across interconnected settings

Financement : Agence nationale de la recherche, appel à projets générique

Les gènes de résistance aux antibiotiques d’importance clinique trouvent leur origine dans des bactéries environnementales. Les modalités de mobilisation de ces gènes à partir de l’environnement sont, en revanche, largement méconnues. À partir d’approches génomiques, métagénomiques et fonctionnelles de dernières générations, Pre-Empt rassemble les forces de l’Anses, de l’Inrae, de l’Institut Pasteur et de l’Inserm pour identifier et quantifier le réservoir de ces gènes potentiellement transférables à des bactéries pathogènes à partir du milieu aquatique. Son ambition est de contribuer à la mise en place d’indicateurs prédictifs du transfert de gènes de résistance depuis le réservoir environnemental vers des bactéries d’intérêt clinique.

En savoir plus sur le projet