Formulaire de recherche

marianne anses

Unité mixte de recherche Mycoplasmoses animales du laboratoire de Lyon

Directrice de l’UMR : Claire Becker (VetAgro Sup)
 
Directrice adjointe et cheffe d’unité : Florence Tardy (Anses)   
 

Créée en avril 2004, l’unité mixte de recherche (UMR) Mycoplasmoses animales (MYCO) est sous la tutelle de VetAgro Sup et de l’Anses. Elle est spécialisée dans l’étude d’un genre bactérien à l’origine de plusieurs maladies animales, les mycoplasmes. Elle est composée de 12 personnes, dont 8 scientifiques permanents, avec en moyenne deux doctorants et un à trois étudiants par an.

Les missions de l’UMR MYCO sont la recherche et la formation par la recherche dans le domaine de la mycoplasmologie chez les animaux, avec un savoir-faire historique pour les mycoplasmes des ruminants. À cela s’ajoutent des missions d’expertise et de référence propres à l’Anses, ainsi que des missions d’enseignement propres à VetAgro Sup. Les travaux scientifiques de l’UMR portent sur l’étude de la biodiversité des bactéries du genre Mycoplasma et l’expression clinique des maladies associées.

L'UMR est membre du conseil pédagogique et d’orientation de l’École doctorale Évolution, écosystèmes, microbiologie, modélisation de l’université de Lyon (E2M2) et du réseau européen de recherche sur les mycoplasmes eMyNet.

Les activités de surveillance

L’UMR pilote le réseau Vigimyc, sur les mycoplasmoses des ruminants. Outre ses missions d’épidémiosurveillance, d’épidémiovigilance vis-à-vis de mycoplasmoses exotiques et d’aide au diagnostic auprès des laboratoires d’analyse vétérinaires, le réseau assure l’entretien d’une collection de souches de mycoplasmes sur laquelle s’appuient de nombreux projets de recherche.

Les activités de recherche

Les projets de recherche de l’UMR MYCO portent essentiellement sur la diversité et l’antibiorésistance des mycoplasmes animaux, ainsi que sur la virulence et l’émergence de ces mycoplasmes.

Les activités de recherche de l’unité sont essentiellement finalisées, visant à établir des liens structurants entre les observations cliniques (évolution des maladies, usages thérapeutiques, incidence économique et épidémiosurveillance) et la caractérisation des agents pathogènes (identification, polymorphisme génétique, antibiorésistance, virulence). Les relations étroites de l’UMR MYCO avec les filières de production, les laboratoires de diagnostic, les praticiens vétérinaires et les organisations professionnelles sanitaires sont garantes d’une recherche au service de la santé animale.

Les projets de recherche plus fondamentaux sont le plus souvent conduits en collaboration avec des partenaires universitaires et des organismes de recherche, notamment à travers le co-encadrement de thèses de doctorat.

Depuis 2020, l’UMR MYCO co-construit dans le cadre d’un partenariat avec l'Inrae un savoir-faire sur les modèles cellulaires pour étudier la physiopathologie des infections à mycoplasmes. À moyen terme, ces modèles seront utilisés pour étudier l’antibiorésistance dans des conditions plus proches du vivant. De même, avec le développement de projets basés sur le séquençage haut débit, il est envisagé d’adosser une surveillance génomique (détection de souches atypiques, définition de marqueurs d’espèces ou de virulence, suivi de ces marqueurs dans le temps…) au réseau d’épidémiosurveillance Vigimyc.

Projets de recherche phares de ces cinq dernières années et en cours

  • MAGA_R (2015-2018)

Mécanismes d’émergence de l‘antibiorésistance in vitro chez M. agalactiae : un modèle pour les mycoplasmes de ruminants

Financement: Thèse co-financée par l’École nationale vétérinaire de Toulouse (ENVT)-ANSES
Partenaires : UMR Interactions Hôtes-Agents Pathogènes (Inrae, ENVT)

Ce projet s’est attaché à explorer le rôle du transfert horizontal non-conventionnel de régions chromosomiques par conjugaison (MCT, Mycoplasma Chromosomal Transfer) pour l'acquisition de la résistance aux antibiotiques chez l’espèce modèle Mycoplasma agalactiae. De nombreux mutants spontanément résistants et des transconjugants sélectionnés pour leur résistance ont été séquencés. Les résultats montrent que in vitro le MCT conduit au transfert simultané de nombreux fragments, générant une population variée de mycoplasmes possédant des génomes hautement mosaïques. Ceci pourrait contribuer à accélérer la dissémination de l'antibiorésistance via l'acquisition simultanée de plusieurs mutations distantes associées à la résistance.

  • REDIBOV  (2018-2020)

Suivi de l’évolution de la diversité et de la perte de sensibilité aux antibiotiques de M. bovis, pathogène majeur pour les bronchopneumonies du veau : écologie, facteurs de risque et conséquences sanitaires.

Financement : Direction générale de l’alimentation, dans le cadre du plan EcoAntibio2

En partenariat avec des professionnels des filières, des collectes sur le terrain ont été réalisées pour isoler des souches de Mycoplasma bovis chez des veaux à l’engraissement. Leurs contextes sanitaires étaient connus et maitrisés : animaux malades ou sains, avant ou après traitement antibiotique. La caractérisation des isolats a permis de démontrer l’absence d’une influence des traitements antibiotiques sur la diversité génétique et l’antibiorésistance des souches de M. bovis en élevage de veaux. Par ailleurs, une analyse des facteurs de risque montre que la diffusion de l’infection à M. bovis, estimée par sérologie, est plus importante dans des élevages de grande taille avec des distributeurs automatiques de lait.

  • MYCOPAB (2020-2023)

Les mycoplasmes dans les affections respiratoires du cheval : les espèces impliquées, leur prévalence et leur résistance aux antibiotiques

Financement : Institut français du cheval et de l’équitation, fonds Éperon, groupement d’intérêt scientifique Centaure, y compris thèse de doctorat
Partenaire : pôle d’analyse et de recherche de Normandie LABÉO

Le projet Mycopab comprend trois objectifs interconnectés : développer des outils d’identification des mycoplasmes équins présents au niveau de l’appareil respiratoire et des outils de détection, si possible quantitatifs, adaptés à l’étude de la prévalence et au diagnostic en routine ; déterminer le profil de résistance aux antibiotiques des souches isolées et les mécanismes moléculaires sous-jacents et enfin faire de l’épidémiologie comparée, en distinguant les espèces de mycoplasmes impliquées dans la maladie ou les baisses de performances sportives de celles uniquement présentes de façon asymptomatique.

  • MYCO3D_LUNG (2020-2022)

Respiratory mycoplasma infection, role of the resident microbiota and chemotherapy control : what could we learn using different respiratory epithelium models in vitro ?

Financement : Fondation en infectiologie FINOVI
Partenaire : UMR Infections virales et pathologie comparée (Ecole pratique des hautes études/Inrae/université de Lyon)

Ce projet propose de s’appuyer sur différents modèles cellulaires (du plus simple au plus complexe : lignées cellulaires, épithélium en interface air-liquide, organoïdes) pour comprendre la physiopathologie des infections respiratoires à M. bovis. Les processus d’adhésion et d’invasion des cellules par les mycoplasmes ainsi que la réponse des cellules à ces infections sont notamment étudiés, en présence ou non d’une co-infection et/ou d’antibiotiques.

  • ADAPT-MYCO (2020-2021)

Épidémiologie génomique comparée de deux (sous)espèces de mycoplasmes pathogènes des ruminants

Financement : réseau SAARA (réseau thématique de recherche pour la santé et le bien-être animal en région Auvergne Rhône Alpes)
Partenaire UMR Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques (Inrae/VetAgro Sup)

Ce projet d’épidémiologie génomique consiste à explorer l’évolution et la diversité au cours du temps de populations de deux (sous)-espèces de mycoplasmes, M. bovis et M. mycoides subsp. capri, dont l’évolution en termes d’antibiorésistance et de diversité est très différente. L’analyse d’environ 100 génomes de chaque sous-espèce, correspondant à des isolats échelonnés dans le temps et dans l’espace, permettra de comprendre la diffusion de ces bactéries et leur adaptation aux conditions de circulation imposées par la gestion zootechnique et sanitaire des élevages qu’elles impactent.

  • EXOVIR

Le sécrétome des mycoplasmes animaux : comparaison interespèces, rôle dans le pouvoir pathogène et application au diagnostic

Projet de thèse en cours de signature,
Partenaires : unité MBA, du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses

Des travaux antérieurs ont démontré que, malgré leur apparente simplicité, les mycoplasmes possèdent un sécrétome (ensemble des éléments sécrétés à la surface des bactéries ou libérés dans l'environnement) complexe (polysaccharides capsulaires et exopolysaccharides, exoprotéines, vésicules extracellulaires) qui joue très certainement un rôle important dans l’interaction avec l’hôte. Le projet Exovir ambitionne de compléter les données descriptives du sécrétome chez les mycoplasmes de ruminants, élargies à d’autres hôtes animaux. L’universalité de certains composants permettra de poser une approche de la virulence dite « tout mycoplasme », ciblant des marqueurs de virulence du sécrétome retrouvés quelle que soit l’espèce mycoplasmique, et à plus long terme d’envisager l’intérêt de certains éléments du sécrétome pour les stratégies vaccinales.