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Coronavirus

Les coronavirus

Carte d’identité et rôle de l’Anses

Mis à jour le 25/07/2018

Mots-clés : Coronavirus, Zoonoses, Maladies animales, Santé animale

Les coronavirus sont une famille regroupant de nombreux virus touchant de nombreuses espèces animales ainsi que, pour certains, l’homme. Les maladies qu’ils provoquent sont variées mais touchent principalement les systèmes respiratoires et digestifs. Du point de vue de la santé publique, le coronavirus le plus connu est celui responsable de l’épidémie de SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère). En septembre 2012, un nouveau coronavirus a été découvert au Moyen-Orient à partir de patients ayant présenté des symptômes au cours du 2ème trimestre 2012.  L’origine de ce virus n’est à ce jour pas complètement élucidée. Il présente cependant de grandes similitudes avec le virus du SRAS, ainsi qu’avec des virus touchant habituellement certaines espèces de chauves-souris. Une des hypothèses actuellement envisagée quant à l’origine de ce virus est qu’il se soit adapté à une ou plusieurs autres espèces animales plus proches de l’homme, permettant ainsi des contaminations humaines. Présentation de cette famille de virus et des travaux menés par l’Agence sur les coronavirus des animaux.

Que sont les coronavirus ? 

Les coronavirus sont une famille regroupant différents virus touchant de nombreuses espèces animales (chiens, chats, porcs, oiseaux, chauves souris, …), et, pour certains, l’homme. Les maladies qu’ils provoquent sont variées mais touchent principalement les systèmes respiratoires et digestifs. Du point de vue de la santé publique, le coronavirus le plus connu est celui responsable de l’épidémie de SRAS ayant touché près de 8000 personnes en 2002/2003. En matière de santé animale, de nombreux coronavirus sont connus et touchent notamment les chiens et les chats, mais également les porcs, les ruminants, les oiseaux, ainsi que la faune sauvage. Ces virus sont en général très spécifiques d’une espèce animale.  La gravité des infections provoquées par ces virus est très variable pouvant aller, chez l’homme, d’une simple rhinite à des formes respiratoires graves comme le SRAS, pouvant causer la mort. En médecine vétérinaire, les infections par ces virus peuvent avoir un impact économique non négligeable, notamment dans les élevages de jeunes ruminants ou chez le poulet et la dinde.

 

Un nouveau coronavirus détecté fin 2012

En septembre 2012, un nouveau coronavirus inconnu chez l’homme a été isolé au Moyen-Orient chez un patient ayant présenté à la fin du deuxième trimestre 2012 des symptômes proches du SRAS. Depuis l’identification de ce nouveau virus, une surveillance a été mise en place sous la coordination de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et de l’« European centre for disease prevention and control » (ECDC) afin de détecter d’autres cas éventuels. En France ce dispositif est actif depuis décembre 2012. Il est coordonné par Santé publique France. La majorité des cas d’infection par ce nouveau virus ont été diagnostiqués dans la péninsule arabique et, plus récemment, en Europe.

Le nombre de cas liés à ce nouveau virus est donc faible mais compte tenu de la gravité des symptômes qu’il peut engendrer, les autorités sanitaires nationales et internationales restent vigilantes et surveillent de très près son évolution.

 

Que fait l’Anses vis-à-vis de cette famille de virus ?

Les coronavirus présentent la capacité d’évoluer grâce à des modifications brutales de leur matériel génétique (délétions, mutations, recombinaisons) leur permettant de toucher de nouveaux organes cibles ou de s'adapter à de nouvelles espèces hôtes. Ainsi le coronavirus responsable de l'épidémie de SRAS en 2003 résulte d'une adaptation d'un coronavirus initialement présent chez la chauve-souris, à un petit carnivore (la civette palmiste masquée, consommée en Chine) dans un premier temps, puis à l'espèce humaine. Le nouveau coronavirus (nommé nCoV ou HCoV-EMC) qui est vraisemblablement présent depuis le second trimestre 2012 dans la péninsule arabique a aussi probablement une origine animale, bien que son origine exacte ne soit pas encore connue. 

La compréhension des mécanismes permettant à un virus animal d’acquérir la capacité de se transmettre à d’autres espèces animales ou à l’homme (franchissement de la barrière d’espèce) est un sujet important de mobilisation pour l’Anses. Plusieurs de ses laboratoires travaillent ainsi sur cette question pour divers agents pathogènes, dont les coronavirus.

Le laboratoire de Santé animale de Maisons-Alfort s’intéresse aux coronavirus des chiens et des chats. Ce travail réalisé en commun avec l’INRA et école nationale vétérinaire d’Alfort au sein d’une unité mixte de recherche s’intéresse aux transmissions d’infections à coronavirus entre les espèces canines et félines. Cette équipe mène également des études sur la filiation des virus de cette famille. Ces travaux ont ainsi montré l’existence chez le chat de souches de coronavirus résultant de recombinaison entre des coronavirus félins (FCov) et des virus de coronavirus canins entériques (CCoV). Enfin, le laboratoire cherche à identifier les gènes responsables de la virulence des coronavirus félins. 

Le laboratoire Anses de Ploufragan travaille quant à lui sur les coronavirus des oiseaux d’élevage. Les virus concernés sont responsables de maladies respiratoires et de chutes de pontes fréquemment rencontrées chez le poulet et chez la poule pondeuse (bronchite infectieuse), ainsi que de troubles digestifs chez les dindonneaux (syndrome entérite mortalité). Les travaux menés par le laboratoire poursuivent deux objectifs. Il s’agit, d’une part, de caractériser les changements génétiques qui accompagnent l’émergence de nouvelles souches virales chez le poulet et la poule, et, d’autre part, de caractériser les espèces cibles et le génome du coronavirus de la dinde. Les premières souches de ce virus isolées en Europe ont été obtenues au laboratoire en 2008. Comme leurs homologues nord-américaines, elles semblent avoir émergé spontanément, du fait de phénomènes de recombinaison génétique ayant impliqué le virus de la bronchite infectieuse du poulet.

Enfin, comme l’a montré l’émergence du virus du SRAS, la faune sauvage constitue une source potentielle de nouveaux coronavirus pathogènes pour l’homme. Le laboratoire Anses de la rage et de la faune sauvage de Nancy se mobilise pour tenter de déterminer le rôle exact de la faune sauvage dans la transmission de tels virus, afin d’envisager des moyens de lutte pertinents pour combattre ces pathogènes (comme cela est fait pour la rage, la tuberculose, l’échinococcose, la tularémie, la Fièvre Hémorragique à Syndrome Rénal (FHSR), le chikungunya, la maladie de Lyme,..). 

Ainsi, grâce à leur expertise, les équipes de l’Anses impliquées dans les travaux sur les coronavirus animaux collaborent avec les équipes françaises des autres organismes de recherche (INRA-ENVT, Institut Pasteur, CHU de Caen) et les autres équipes européennes pour le montage de différents projets de recherche nationaux ou européens portant sur les relations entre coronavirus animaux et humains.

 

Photo : Centers for Disease Control and Prevention

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