Pour aider le consommateur dans ses choix, l'Agence propose également des alternatives de consommation qui permettent d'approcher au mieux ces recommandations en tenant compte des habitudes alimentaires, des préférences, et des situations particulières de chaque consommateur.

Depuis plusieurs années, la question d'une pollution des cours d'eaux français par les PCB et de son impact sur la population est posée. Depuis 2003, l'Agence et ses experts sont mobilisés sur ce dossier difficile et ont notamment produit une vingtaine d’avis évaluant précisément les risques sanitaires liés à la consommation de poissons contaminés par les PCB et permettant d'apporter à l'Etat l'éclairage indispensable à la gestion du risque lié à ces contaminants au niveau national et en particulier dans la révision de la réglementation européenne sur les PCB.