Depuis plusieurs années, la question d'une pollution des cours d'eaux français par les PCB et de son impact sur la population est posée. Depuis 2003, l'Agence et ses experts sont mobilisés sur ce dossier difficile et ont notamment produit une vingtaine d’avis évaluant précisément les risques sanitaires liés à la consommation de poissons contaminés par les PCB et permettant d'apporter à l'Etat l'éclairage indispensable à la gestion du risque lié à ces contaminants au niveau national et en particulier dans la révision de la réglementation européenne sur les PCB.

Dans un contexte de pollution de plusieurs cours d'eau par les PCB et de dépassement des teneurs maximales autorisées dans certaines zones pour plusieurs espèces de poissons d'eau douce, l'Agence a été chargée, en 2008, de réaliser, en collaboration avec l'Institut de veille sanitaire, une étude sur l'imprégnation aux PCB des consommateurs de poissons d'eau douce. A l'issue de trois années de travail, les résultats de cette étude montrent notamment que les imprégnations mesurées dans cette étude sont voisines de celles de la population générale. Ce travail, a permis à l'Anses d’établir des fréquences de consommation maximale de poissons fortement bio-accumulateurs de PCB sans risque pour l'homme sur le long terme.