En visant notamment des économies d'eau et d'énergie, les politiques de développement durable induisent de nouvelles pratiques, dont il faut évaluer les risques sanitaires éventuels. De nombreux exemples illustrent les recherches de modalités nouvelles dans un but de développement durable appliqué à l’eau pour mieux gérer la consommation de la ressource, notamment pour la production d’eau du robinet, et faire face aux risques de pénurie. Plusieurs travaux d’évaluation des risques ont été réalisés dans ce champ et incluent : la réutilisation des eaux usées traitées pour l'arrosage des espaces verts ou l'irrigation des cultures, la réutilisation des eaux grises pour des usages domestiques, l’utilisation d’eau de pluie pour le lavage du linge,l'utilisation de l'eau de mer pour la production d'eau destinée à la consommation humaine, l’installation de turbines hydroélectriques sur des canalisations de production ou de distribution d'eau destinée à la consommation humaine, ou encore l’utilisation de fluides caloporteurs.

La survenue d’une pandémie de grippe humaine, due au virus Influenza A (H1N1)2009 a été déclarée par l’Organisation mondiale de la santé, le 11 juin 2009. La France se préparait à une telle éventualité depuis plusieurs années, notamment au travers de son plan national de prévention et de lutte contre la grippe pandémique. A cette occasion, l’Agence a été chargée d’évaluer les risques pour les travailleurs liés à la présence du virus Influenza pandémique A(H1N1) 2009 dans les eaux usées.