L’évolution de l’antibiorésistance des bactéries animales et humaines représente un enjeu majeur de santé publique et nécessite une approche intégrée de toutes les médecines,  selon l’approche « One Health, une seule santé humaine et animale ».  L’Anses est fortement mobilisée dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques, notamment par le pilotage du Réseau de surveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes d’origine animale (Résapath), dédié à la surveillance des résistances chez les bactéries responsables d'infections pour l'ensemble des espèces animales. Le Résapath constitue un dispositif essentiel pour la surveillance de l'antibiorésistance animale et un espace de collaboration privilégié des acteurs de la médecine humaine et vétérinaire. 

Les néonicotinoïdes sont des substances insecticides dites systémiques utilisées en agriculture pour protéger les cultures de ravageurs, mais aussi en tant que biocides ou médicaments vétérinaires. Aujourd’hui, cinq substances actives de la famille des néonicotinoïdes sont approuvées pour des usages phytopharmaceutiques au niveau européen. Depuis les premières autorisations de produits à base de néonicotinoïdes au début des années 1990, des inquiétudes ont été exprimées dans plusieurs pays d’Europe quant à leur possible impact sur la santé des abeilles. L’Anses contribue à l’amélioration des connaissances scientifiques dans ce domaine par ses travaux relatifs aux co-expositions des abeilles aux facteurs de stress, et de par ses missions relatives à l’évaluation des substances actives et produits phytopharmaceutiques et biocides.