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Élevage avicole : améliorer les connaissances sur un pathogène émergent pour mieux cibler les traitements

Les volailles du monde entier peuvent être affectées par divers pathogènes. Parmi eux, Enterococcus cecorum est une bactérie pathogène qui provoque de plus en plus fréquemment des pathologies sévères et une surmortalité au sein des élevages. Des scientifiques d’INRAE et de l’Anses ont réalisé des études approfondies pour décrypter son fonctionnement afin de mieux protéger les élevages. Leurs résultats sont parus le 16 février dans les revues mSphere et Journal of Clinical Microbiology.  

Enterococcus cecorum provoque des troubles locomoteurs et des infections généralisées (septicémies), au sein des élevages de poulets de chair, particulièrement ceux à croissance rapide. Elle est de plus en plus problématique, son incidence ayant été multipliée par 100 en 15 ans.

Enterococcus cecorum est naturellement présent dans le système digestif des volailles, et malgré des preuves montrant l'existence de souches ayant un potentiel pathogénique, ces isolats cliniques restent peu connus. C’est dans l’objectif de mieux les caractériser que des chercheurs d’INRAE et de l’Anses se sont associés.

Déchiffrer son ADN

Les scientifiques d’INRAE et de l’Anses ont mené une première étude sur l’analyse de la diversité génétique d'Enterococcus cecorum circulant dans les élevages français. Pour cela, ils ont étudié une centaine d’échantillons isolés d’animaux malades. Les souches bactériennes qui provoquent la maladie sont appelées des variants cliniques, celles qui sont issus d’animaux sans symptômes sont appelées variants non-cliniques. À partir de là, une analyse comparée de leurs génomes a permis d’établir la panoplie complète des gènes et la liste de ceux communs à tous les variants.

Résultat : les variants cliniques ont suivi une évolution bien distincte des variants non cliniques. Leur groupe évolutif réunit la majorité des variants responsables des infections en France, mais aussi dans d’autres pays d’Europe et aux Etats-Unis.

Dans une optique de surveillance des élevages, les scientifiques ont identifié six gènes qui permettent de déterminer l'origine évolutive d’un variant dans 94% des cas. En complément, ils ont également identifié des gènes de résistance aux antibiotiques, pour mieux cibler les traitements éventuels.

Évaluer les profils de résistance aux antibiotiques

À ce stade, nos chercheurs avaient identifié des gènes de résistances des variants cliniques, mais qu’en était-il des non cliniques ?

Dans leur seconde étude, ils ont testé l’effet de molécules antimicrobiennes sur une collection de plus de 200 variants. Leur objectif ? Développer une méthode d’analyse et déterminer des concentrations limites d’antibiotiques ou seuils épidémiologiques, permettant de repérer les variants résistants aux antibiotiques.

Ces seuils ont été déterminés pour 29 molécules antimicrobiennes. Ces travaux montrent que de nombreux variants sont résistants aux antibiotiques utilisés en élevage. Mais ces résistances ne concernent pas les antibiotiques utilisés en médecine humaine.

Ces deux études complémentaires montrent l’évolution de cette bactérie dont les populations incluent désormais un groupe de variants infectieux. L’ensemble des résultats apportent un éclairage sur sa diversité génétique et sa résistance aux antibiotiques. Ils aideront à mieux prévenir et contrôler les maladies liées à Enterococcus cecorum.