EpiBIO OI2 (2024-2028)

Épidémiosurveillance et biocontrôle dans la zone océan Indien

Financement : FEDER INTERREG VI Océan Indien

Partenaires : Cirad, FAREI (Maurice), INRAPE (Comores), FOFIFA (Madagascar)

Le projet EpiBio OI2, piloté par le Cirad Réunion vise la mise en œuvre et le renforcement des capacités régionales et nationales pour la protection de l’environnement et la durabilité de l’agriculture, la gestion des plantes et macroorganismes invasifs et des maladies émergentes végétales dans la zone de l’océan Indien. 

L’unité RAPT du laboratoire de santé des végétaux participe plus spécifiquement à l’action 3, axée sur la surveillance et le diagnostic des virus, bactéries et champignons pathogènes du bananier aux Comores, à Madagascar et à l’île Maurice.

SABRE (2024-2027)

Stopping the Attack of Bacterial blight Rice Epidemic in the Indian Ocean

Financement : FEDER INTERREG VI Océan Indien

Partenaires : IRD, Cirad, FOFIFA (Madagascar), KALRO (Kenya), TARI (Tanzanie)

Le projet SABRE vise à mettre en place un programme régional d’épidémio-surveillance de la bactériose vasculaire du riz (Bacterial Leaf Blight, BLB »), afin de prévenir l’expansion de ce fléau qui menace la durabilité de la riziculture dans l’océan Indien, et par conséquent la sécurité alimentaire des pays concernés.

L’unité RAPT du laboratoire de santé des végétaux participe plus spécifiquement à l’action 4, visant à optimiser les outils de détection moléculaire de la BLB (PCR, LAMP-PCR, PCR digitale).

High Value Citrus For Al’Ula – phase 2 (2024-2027)

2ème phase d’un projet de recherche et développement pour une filière agrumicole à haute valeur ajoutée à Al’Ula

Financement : Agence française pour le développement d’ALULA (AFALULA)

Partenaires : Cirad, Inrae, Mas Bachès, Agro Prospective Marrakech

Le projet international High Value Citrus for AlUla vise le développement d’une filière agrumicole durable et à haute valeur ajoutée dans la région d’AlUla en Arabie Saoudite. Celle-ci souhaite diversifier ses activités économiques et valoriser ses ressources génétiques agrumicoles. Le projet est coordonné par le Cirad, l’Anses est en charge du diagnostic sanitaire de plants d’agrumes pour le volet recherche et développement du projet. 

Horizon Scanning (2022-2026)

Partenaires : Efsa, Centre commun de la recherche de la Commission européenne, OMS, CABI

Sujet : Le projet Horizon Scanning for plant health a pour objectif l’analyse des informations disponibles sur internet (suivi automatisé de littérature scientifique et des médias), dans le but d’anticiper l’émergence d’organismes nuisibles pour les végétaux et protéger le territoire de l’Union européenne de ces nouvelles menaces. Les résultats de cette veille sanitaire sont communiqués mensuellement pour informer la Commission européenne, les différents acteurs nationaux en charge de la santé des plantes et plus largement le public sur les risques phytosanitaires et cibler les organismes nuisibles nécessitant une analyse de risque par l’Efsa.

Sore in spore (2023-2026)

Financeur : DGAL- département de la santé des forêts

Partenaire : Inrae 

Le projet vise l’utilisation de pièges à insectes à large spectre pour détecter des champignons pathogènes forestiers dans le cadre de la surveillance des organismes réglementés et émergeants (SORE).

ETHICS (2024-2027)

Epidemiology control phyllosticta mediterranean Citrus Tunisia

Financeur : Efsa 

Partenaires : IVIA (Espagne), NIB (Slovénie), UPV (Espagne), ICM (Tunisie)

Le projet vise l’étude de l'épidémiologie et la lutte contre la maladie des taches noires des agrumes, causée par le champignon phytopathogène Phyllosticta citricarpa, dans les zones méditerranéennes de culture d'agrumes.

Rusts (2023-2026)

Financement : Réseau Euphresco 

Partenaires : 10 partenaires internationaux

L’objectif est l’amélioration de la détection et de l’identification des espèces de champignons agents de maladie de la rouille et classées comme organismes de quarantaine pour l’Union européenne.

NEM-EMERGE (2024 – 2028)

An integrated set of novel approaches to counter the emergence and proliferation of invasive and virulent soil borne nematodes

Financement : Horizon Europe (Commission européenne)

Partenaires : Pôle NemAlliance (Anses/INRAE) et 17 autres partenaires européens ou internationaux en consortium

Les nématodes telluriques représentent un risque pour la production alimentaire mondiale. Avec une perte annuelle estimée à 110 milliards d'euros dans le monde, les nématodes à galles et les nématodes à kystes de la pomme de terre (comprenant cinq espèces de quarantaine), se classent 1er et 2ème dans des nématodes parasites des plantes à fort impact. Des rapports récents documentent l'émergence de nouveaux problèmes liés à ces nématodes dans les cultures de tomates et de pommes de terre en Europe et au-delà. Ces problèmes nématologiques ont pour origine le réchauffement climatique et la sélection génétique. Pendant des décennies, des produits phytosanitaires non spécifiques et nocifs pour l’environnement ont été utilisés en gestion. La prise de conscience croissante de leur impact négatif a conduit à l’élimination progressive de la plupart des nématicides. Il existe par conséquent un besoin urgent de stratégies de contrôle nouvelles et durables. NEM-EMERGE ambitionne ainsi de fournir une gamme de solutions durables et fondées sur la science pour l'agriculture. Les principes de la lutte intégrée (i.e. programmes de rotation des cultures optimisés, résistances adaptées des plantes hôtes et utilisation optimale du potentiel antagoniste natif des sols) sont retenus. Le développement d’outils de surveillance et d'évaluation des risques sont favorisés pour l’aide à la décision des autorités phytosanitaires. NEM-EMERGE s’inscrit ainsi dans le programme de transition vers une agriculture durable, conformément à la stratégie « Farm to Fork », contribuant ainsi aux objectifs ambitieux fixés par le « Green Deal ».

En savoir plus sur le projet

Thèse AMENO (2025 – 2028)

Multimodal Deep Learning for Invasive Risk Assessment and Management of Globodera Nematodes

Financement : Anses/INRAE

Partenaires : Anses et INRAE, Pôle NemAlliance.

Les nématodes du genre Globodera sont des nématodes phytoparasites originaires d’Amérique du Sud mais présents sur les autres continents comme en Europe. Plusieurs espèces, comme les nématodes à kyste de la pomme de terre G. pallida ou G. rostochiensis, sont classées en Europe de quarantaine, en raison de leur impact sur les cultures. Ce projet ambitionne d’adapter et de développer l’état de l’art des approches d’apprentissage profond au phénotypage de précision chez ces nématodes pour étudier l’attraction sexuelle et caractériser les conséquences de la multipaternité sur les traits d’histoire de vie et « la fitness » de la descendance pour enfin fusionner les dimensions pour l’évaluation des risques. Ce projet de thèse, qui s’intéresse à des enjeux de sécurité sanitaire et de risque invasif mais aussi de biologie prédictive et numérique, enrichira nos connaissances sur la taxonomie de ces nématodes à fort potentiel de survie, afin d’anticiper les conséquences en termes d’adaptation à l’hôte de ces parasites. In fine, cela permettra de déterminer et d’anticiper les risques associés à une arrivée en Europe d’autres populations du genre Globodera, alimentant ainsi les réflexions à même d’être portées à la connaissance du gestionnaire du risque.

Thèse EVINCER (2022 – 2025)

Étude de la variabilité intra/interspécifique et évaluation du risque d’installation d’un nématode émergent tropical sur culture d’importance majeure en France

Financement : Anses/Cirad (IRD pour une part du fonctionnement)

Partenaires : Anses, Cirad, IRD et INRAE (Pôle NemAlliance)

Dans un contexte où les solutions à base de produits phytosanitaires sont proscrites, la gestion de nématodes phytoparasites de quarantaine ou émergents suppose une évaluation des risques poussée et la recherche de solutions alternatives. Ces solutions peuvent notamment s’appuyer sur l’étude, de la résistance de communautés de nématodes phytoparasites natives non dommageables aux cultures face à l’invasion. Dans ce cadre, une espèce émergente en Europe, M. graminicola, est considérée comme invasive. L’intégration de M. graminicola aux travaux fait écho aux effets des changements climatiques et autres changements globaux pour une anticipation de la remontée de nématodes émergents sous nos latitudes. Une caractérisation des communautés natives les moins résistantes doit aider à définir les types d’agrosystèmes les plus à risque. L’étude de la diversité génétique, morphobiométrique et de l'agressivité de populations de M. graminicola originaires d’Italie et d’Asie du Sud Est vise à produire des questions évolutives et des marqueurs moléculaires à même d’être informatifs sur les différents pathotypes identifiés. 

NEMATRACK (2023 – 2025)

Analyse de l’orientation chez les nématodes phytoparasites à l’aide d’outils innovants croisant microfluidique et trajectométrie numérique 

Financement : INRAE (Département Santé des plantes et environnement)

Partenaires : Pôle NemAlliance (Anses/INRAE)

Le projet NemaTrack a pour objectif de développer des dispositifs expérimentaux innovants pour caractériser et quantifier avec précision l’attraction vers des stimuli chimiques chez les nématodes phytoparasites des genres Globodera et Meloidogyne. Ce projet s’appuie sur des approches faisant appel aux mathématiques, à l’informatique et plus particulièrement à la vision numérique et au calcul scientifique. Cette stratégie scientifique permet d’étudier finement des traits de vie importants chez ces organismes, en particulier la recherche d’hôtes et de partenaires sexuels.

ASTEROIDE (2024 – 2025)

Financement : Anses (appel à manifestation d'intérêts interne)

Partenaires : six laboratoires de l’Anses

Évaluation de l’approche métagénomique Shotgun pour l’étude de microbiomes et la détection de gènes d’intérêt

Le projet ASTEROIDE s’inscrit dans les axes transversaux « santé animale », « santé des végétaux », « sécurité sanitaire des aliments » et « antibiorésistance » de l’Anses. L’objectif du projet est d’évaluer la pertinence de l’outil de métagénomique Shotgun pour explorer deux questionnements scientifiques : quel niveau de résolution taxonomique peut-on obtenir via la métagénomique Shotgun pour l’étude des communautés microbiennes ou de la circulation de souches virales dans des matrices d’intérêt pour les équipes impliquées ? Cette approche permet-elle de détecter des gènes d’intérêt et, si oui, sous quelles conditions ?

IMOTEP (depuis 2023)

Infection en microgravité d’organismes telluriques phytoparasites 

Financement : CNES (appel à contributions CNES)

Partenaires : Pôle NemAlliance Anses/INRAE

Le projet de recherche IMOTEP a émis l’hypothèse que les organismes sur lesquels l’unité de nématologie travaille ont des capacités de résistances exceptionnelles encore non identifiées. En effet, bien que les nématodes soient connus comme extrêmophiles, à ce jour, aucune espèce de nématodes phytoparasites n’a fait l’objet d’études dans un contexte de conditions retrouvées dans l’espace. Aussi, les objectifs poursuivis visent à tester les capacités de survie dans le vide spatial et à évaluer le pouvoir infectieux et les capacités de reproduction d’espèces de nématodes phytoparasites en contexte de microgravité sur des cultures de plantes hôtes destinées à alimenter les missions spatiales.

PP COLEO (2026-2029) 

Étude des corrélations entre utilisations des produits phytopharmaceutiques, imprégnation des organismes et effets sur des populations de coléoptères dans les parcelles 500 ENI

Financement : Anses (Phytopharmacovigilance)

Partenaires : Centre de biologie pour la gestion des populations (UMR CBGP) ; UMR EcoSys (INRAe – AgroParisTech- Université Paris Saclay)
Cette étude menée dans la cadre d’un postdoctorat co-encadré par l’Anses et le CBGP vise les objectifs suivants : 

• caractériser, en passant par la détermination d’imprégnations individuelles, les liens entre des pratiques agricoles intensives (application de produits phytopharmaceutiques (PPP),notamment leur quantité et leur nature/propriétés) et des effets sur une population d’insectes non cibles (différentes espèces de coléoptères)         
• caractériser la corrélation entre l’imprégnation d’individus de coléoptères en produits phytopharmaceutiques et la biodiversité des coléoptères retrouvées dans les bordures de champs, en s’appuyant sur les données de biodiversité provenant du réseau 500 ENI (richesse et abondances totales par morphogroupe).

Groupe de travail des 500ENI (depuis 2023)

Groupe de travail permanent pour l’analyse statistique du réseau 500 ENI

Financement : stratégie Ecophyto 2030

Partenaires : Centre de biologie pour la gestion des populations (UMR CBGP)  – Université de Montpellier, MNHN

Le réseau 500ENI suit depuis 2012 la biodiversité sur 500 parcelles afin de détecter d’éventuels effets non-intentionnels (ENI) des pratiques agricoles et phytosanitaires. 

L’objectif du GTP est :

• coordonner l’analyse statistique des données afin de détecter l'apparition éventuelle d'effets non intentionnels des pratiques agricoles sur l'environnement,
• améliorer la diffusion des résultats auprès des agriculteurs et des partenaires du réseau

En savoir plus sur le réseau

Vinabio/Ecofloris (2025-2028)

Évaluation de l’impact des pratiques de gestion et du paysage sur les services écosystémiques issus de la biodiversité floristique et entomologique dans les vignobles (ECOFLORIS)

Financement : Région Occitanie, avec le Fonds européen de développement régional, et Institut Agro Montpellier

Partenaires : Centre d’Écologie fonctionnelle et évolutive (UMR CEFE), Institut Agro Montpellier, UMR Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (Dynafor), École nationale d'agronomie de Toulouse (ENSAT Toulouse)

Le projet ECOFLORIS vise à explorer les interactions écologiques entre les communautés d'adventices, les pollinisateurs et les services de régulation des ravageurs dans les vignobles. 

FELLOW (2025-2027)

Dynamique spatio-temporelle des communautés de plantes adventices et leur rôle sur les services écosystémiques le long d’un gradient de pressions humaine

Financement : Appel à projets de recherche « Pressions anthropiques et impacts sur la biodiversité terrestre » - Fondation pour la recherche sur la biodiversité

Partenaires : Institut Agro Montpellier, CIRAD, Institut Agro Dijon, Conservatoire botanique national des Pyrénées et de Midi-Pyrénées, Inrae, Bordeaux Sciences Agro, Station expérimentale de Rothamsted (Royaume-Uni), Université de Lorraine, Université des ressources naturelles et des sciences de la vie (Autriche).

Le projet FELLOW vise à quantifier l’importance relative de différents facteurs agricoles et environnementaux sur les propriétés fonctionnelles de la flore adventice. Ces fonctions permettent d’évaluer la valeur de la flore en termes de biodiversité́, pour fournir des ressources aux pollinisateurs, aux insectes, aux oiseaux et à d’autres organismes, tout en prenant en compte les impacts négatifs sur les cultures, comme la compétition.

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Biodicapt (2025-2030)

Suivi à grande échelle et par capteurs de la biodiversité, support de services écosystémiques pour l'évaluation des systèmes agroécologiques.

Financement : Programme et équipement prioritaire de recherche Agroécologie et numérique 

Partenaires : Inrae, MNHN, CNRS, Chambres d’Agriculture France, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, École nationale supérieure agronomique de Toulouse (Toulouse INP-ENSAT), Institut Agro Montpellier, Sorbonne Université, Université Toulouse III Paul Sabatier 

Ce projet de recherche vise à développer des méthodes innovantes pour surveiller et analyser la biodiversité et les services écosystémiques dans les paysages agricoles. Il s’appuie sur une approche multi-capteurs, combinant télédétection, enquêtes sur le terrain et modélisation avancée. Les principales activités incluent la surveillance acoustique et paysagère dans plusieurs pays, la caractérisation des paysages via divers capteurs (satellite, drone, lidar, radar), ainsi que l’évaluation des pratiques agricoles (labour, cultures de couverture, irrigation). L’objectif est de modéliser les relations entre différentes taxons (oiseaux, chauves-souris, pollinisateurs, plantes) pour optimiser la gestion durable des terres.

EUFAWREADY (2025-2029)

Renforcer la capacité de l'Europe à lutter contre la chenille légionnaire d'automne, un ravageur envahissant qui représente une menace

Financement : Horizon-Europe

Partenaires : Institut Julius Kühn (Allemagne), Pensoft Publishers (Bulgarie), Centre international de recherche animale de Jeju (Corée du Sud), Université nationale de Jeju (Corée du Sud), Ferimark 2016 SL (ECOBERTURA, Espagne), Université de Cordoue (Espagne), Institut de recherche agricole des îles Canaries (Espagne), Inrae, Fredon France, Limagrain Europe, Association générale des producteurs de maïs (France), AgriOdor (France), Institut phytopathologique Benaki (Grèce), Fondation pour la recherche et la technologie (Grèce), Organisation de recherche agricole d'Israël, Sapir Academic College (Israël), Université de Brescia (Italie), Institut néo-zélandais de recherche sur les plantes et l'alimentation (Nouvelle-Zélande), Université d'Amsterdam (Pays-Bas), Institut supérieur d’agronomie – Université de Lisbonne (Portugal), Highclere Consulting S.R.L. (Roumanie), Andermatt Biocontrol Suisse AG, Université de Neuchâtel (Suisse), Centre international de biosciences agricoles (Suisse)

L'objectif d'EUFAWREADY est de fournir aux acteurs de l'agriculture européenne, notamment aux agriculteurs, aux conseillers et aux services phytosanitaires, les outils dont ils ont besoin pour réagir rapidement et efficacement à d'éventuels foyers du lépidoptère Spodoptera frugiperda.

En savoir plus sur le projet

TEPHRIFADE 2 (2026-2027)

Méthodes de détection rapides et harmonisées pour la quarantaine des Tephritidae

Financement : Euphresco

Partenaires : Service public fédéral de la santé, de la sécurité de la chaîne alimentaire et de l'environnement (Belgique), Ministère fédéral de l'Alimentation et de l'Agriculture ( Allemagne), Service d'inspection de la santé animale et végétale du ministère de l'Agriculture des États-Unis, Conseil pour la recherche agronomique et l'analyse économique (Italie), CAB International (Kenya et Thaïlande), Institut agricole colombien, Sri Lanka Council for Agricultural Research Policy (Sri Lanka), Bureau national des ressources entomologiques agricoles (Inde)

Ce projet comprend trois axes principaux :

• Développement de méthodes rapides pour la détection des Tephritidae au niveau des genres et des espèces,
• Harmonisation des méthodes de détection entre les laboratoires (au sein de l’Union européenne et au-delà, par exemple par le biais de contributions à l'élaboration de protocoles de diagnostic EPPO/IPPC),
• Extension du panel de séquences validées disponibles pour les espèces réglementées de Tephritidae.

Dactyliopus (2025-2028)

Caractérisation et lutte contre les cochenilles (Dactylopiidae) qui envahissent le bassin méditerranéen et causent de graves pertes aux cultures de figuiers de Barbarie.

Financement : Euphresco

Partenaires : Institut phytopathologique Benaki (Grèce), Edmund Mach Foundation (Italie), Université de Cordoue (Espagne), Université de Catane (Italie), Centre régional des recherches en horticulture et agriculture biologique (Tunisie), Institution de la recherche et de l’enseignement agricoles (Tunisie), Université de Bari Aldo Moro (Italie), Conseil national de la recherche (Italie), Organisation de recherche agricole (Israël)

L’unité Entomologie et botanique est coordinatrice de ce projet. Il vise trois objectifs :

• caractériser les espèces de Dactylopius présentes en région méditerranéenne par des analyses morphologiques et moléculaires.
• identifier les ennemis naturels associés aux populations de Dactylopius échantillonnées ;
• suggérer des mesures de contrôle adaptées pour maintenir les populations de ravageurs à des niveaux économiquement viables.

Tracking Spodoptera project (2025-2027)

Suivi des voies d'invasion de Spodoptera frugiperda en Europe avec la génomique des populations

Financement : Euphresco

Partenaires : UMR DGIMI (Inrae/Université de Montpellier), Institut phytopathologique Benaki (Grèce), Autorité néerlandaise de sécurité des aliments et des produits de consommation (NVWA, Pays-Bas), Autorité phytosanitaire nationale (NPA, Roumanie), Sapir College (Israël), Institut de recherche agricole des îles Canaries (Espagne), Direction de la protection des végétaux - ministère de l'Agriculture (Iraq)

L'objectif du projet est de retracer la voie d'invasion de Spodoptera frugiperda (chenille légionnaire d’automne) et d'évaluer les plantes cultivées vulnérables en utilisant une analyse de génomique des populations.

INNOVA-VIGNE (2026-2031)

Innovation et anticipation pour une gestion des ravageurs de la vigne. Cas d’étude : Flavescence dorée, Cryptoblabes gnidiella, Jacobiasca lybica, Popillia japonica, Xylella fastidiosa.

Financement : Plan d’action stratégique pour l’anticipation du potentiel retrait européen des substances actives et le développement de techniques alternatives pour la protection des cultures (France AgriMer)

Partenaires : Institut français de la vigne et du vin, Inrae, Université de Reims, Plateforme d’épidémiosurveillance en santé des végétaux, Direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt, FREDON France, partenaires privés

Ce projet comportera plusieurs volets, dont le développement d’outils de détection et d’identification des ravageurs, le développement de méthodes de luttes alternatives, et le transfert de ces approches innovantes à l’ensemble des utilisateurs. L’unité participe à l'action 1.2, qui porte sur la standardisation des méthodes de détection de Jacobiasca lybica (cicadelle africaine de la vigne). Un double objectif viendra répondre aux besoins d’identification : 

• valider une méthode moléculaire pour identifier en routine Jacobiasca lybica à tous les stades de développement,

caractériser des différences morphologiques (et éventuellement comportementales) entre J. lybica et les autres Typhlocybinae de la vigne, à différents stades (larves et adultes).

Darwin (2024-2027, unité BVO)

Transition to safe and sustainable food systems through new and innovative detection methods and digital solutions for plant-based products derived from new genomic techniques, under a co-creation approach

Financement : Horizon-Europe (Research and innovation action)

Partenaires : Centre de recherche norvégien (NORCE, Norvège) ; Wings ICT solutions ( Grèce) Institut zooprophylactique expérimental du Latium et de la Toscane (IZS, italie) ; Sciensano (Belgique) ; Fondation Icons ( Italie) ; Université hébraïque de Jérusalem (Israël) ; Association pour des aliments sans OGM (VLOG, Allemagne) ; Fédération internationale des mouvements d'agriculture biologique, groupe régional de l'Union européenne (Ifoam) ; Institut de recherche et de technologie agroalimentaire (Irta, Espagne) ; Université Justus-Liebig de Gießen (Allemagne) ; Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad, France) ; Université nationale de Rosario (UNR, Argentine) ; Autorité nationale de sécurité alimentaire (NEBIH, Hongrie) ; Graminor AS (Norvège).

Le projet Darwin, démarré en janvier 2024, vise à développer une stratégie de détection innovante des produits issus de plantes obtenues par les nouvelles techniques génomiques. Ainsi, neuf méthodes de détection fiables seront mises au point. Quatre solutions numériques reposant sur des approches d’étiquetage dans le système agroalimentaire seront aussi développées, pour répondre aux objectifs politiques de l’Union européenne. L’objectif est de favoriser l’efficacité du contrôle du marché et de stimuler l’innovation sociale, en permettant aux consommateurs de faire des choix mieux informés. L’équipe détection des OGM mènera une revue de littérature scientifique sur les méthodes de détection possible dans divers domaines (épigénétique, etc..). Elle participera également à des essais inter-laboratoires sur des méthodes développées au sein du projet Darwin.

En savoir plus sur le projet

Euphresco est un réseau d'organisations permettant de financer sur fonds propres des projets de recherche et coordonnant la recherche nationale dans le domaine phytosanitaire. L'objectif général est de soutenir au niveau international la coordination et la collaboration dans le domaine de la recherche phytosanitaire, et de devenir un réseau solide et à long terme de bailleurs de fonds qui intègre pleinement les membres existants et nouveaux.