- Le laboratoire comprend :
- Une unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB),
- Une unité Épidémiologie et appui à la surveillance (EAS),
- Une unité Maladies neuro-dégénératives (MND),
- Une unité mixte de recherche (UMR) Mycoplasmoses des ruminants Anses, VetAgro Sup,
- Une unité sous contrat (USC) Caractérisation et suivi des phénomènes d’évolution de résistance aux produits de protection des plantes (CASPER) en lien avec l’INRAE.
- L’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes
Le positionnement scientifique de l’unité AVB est de contribuer à une meilleure compréhension du risque pour l’Homme provenant de l’antibiorésistance d’origine non humaine, par des approches de microbiologie conventionnelle, moléculaire, génomique et fonctionnelle, en lien étroit avec les approches d’épidémiologie portées par l’unité EAS. Les projets scientifiques engagés portent notamment sur les flux de gènes entre l’animal, l’environnement et l’homme dans une approche « One Health », l’impact de l’exposition aux antibiotiques sur le microbiote intestinal et la compréhension de la formation des biofilms bactériens qui constituent une barrière écologique à l’efficacité des antibiotiques. Dans le cadre de la recherche d’alternatives limitant l’impact des antibiotiques, l’unité s’est aussi engagée dans le champ de la phagothérapie.
- L’unité Épidémiologie et appui à la surveillance
Les travaux de recherche en épidémiologie et en surveillance portent sur :
- les déterminants de l’état de santé des populations (facteurs de risque, facteurs associés aux résistances),
- l’amélioration des méthodes de surveillance (syndromique, basée sur le risque)
- l’évaluation de l’efficience des mesures de surveillance, de prévention et de lutte dans les domaines de la santé animale, de la santé végétale et de la sécurité sanitaire des aliments (analyses coût-bénéfice, arbres de décision, évaluations qualitatives)
- l’épidémiologie de l’antibiorésistance (dynamique temporelle, liens usages-résistance, déterminants de la résistance).
- L’unité Maladies neuro-dégénératives
L’unité mène des travaux concernant les maladies associées à des anomalies de repliement protéique, que représentent en particulier les maladies à prion et les autres maladies neurodégénératives comme la maladie de Parkinson chez l’homme. Les projets en cours concernent principalement les pathologies associées à la protéine alpha-synucléine, dont la plus connue est la maladie de Parkinson. Une particularité remarquable de cette maladie est en effet l’implication importante et précoce du tube digestif, avec l’hypothèse qu’un agent pathogène encore indéterminé initie le processus pathologique, qui progresserait ensuite jusqu’au système nerveux central par des mécanismes de type prion. Les travaux réalisés reposent, comme pour l’étude des maladies à prion, sur des modèles expérimentaux transgéniques ou conventionnels et visent à déterminer dans quelle mesure l’exposition à des pesticides, notamment par voie alimentaire, serait susceptible d’initier les phénomènes d’agrégation protéique ou/et les processus neuroinflammatoires chroniques qui y sont associés.
- L’UMR Mycoplasmoses des ruminants
En l’absence de vaccins efficaces et en raison de leurs caractères exotiques et rebelles à l’antibiothérapie, les mycoplasmoses sont des maladies animales dont l’émergence ou la ré-émergence est à redouter d’un point de vue économique et sanitaire (pour les ruminants, 3 sont sur la liste de l’OIE). Le réseau VIGIMYC apporte une connaissance approfondie de la circulation des mycoplasmes chez les ruminants en France et permet de constituer une importante collection de souches sur laquelle s’appuient les travaux scientifiques qui portent sur la biodiversité et la virulence des bactéries du genre Mycoplasma ainsi que sur l’expression clinique des maladies associées chez les ruminants. Les orientations scientifiques de l’UMR portent essentiellement sur deux thèmes : 1) virulence et émergence des mycoplasmes et 2) diversité et antibiorésistance des mycoplasmes.
- L’USC Caractérisation et suivi des phénomènes d’évolution de résistance aux produits de protection des plantes
L’USC étudie l’émergence et l'évolution des phénomènes de résistances aux produits phytosanitaires chez les principaux bio-agresseurs des végétaux (champignons et oomycètes, insectes, bactéries et plantes adventices), dans un contexte de demande de réduction en quantité et en diversité des substances actives autorisées. Dans cette optique, l’unité développe des méthodes et des outils de détection des résistances, que ce soit par des approches biologiques ou moléculaires. Ses recherches se focalisent sur deux systèmes biologiques modèles : dynamique d’adaptation et mécanismes de résistance des populations du puceron vert du pêcher (Myzus persicae) et évolution spatiale et temporelle des résistances aux fongicides inhibiteurs de la respiration chez le mildiou de la vigne (Plasmopara viticola).
L’unité est membre du Réseau de réflexion et de recherches sur les résistances aux Pesticides (R4P), aux côtés de l’INRAE et du ministère de l’Agriculture. Le réseau R4P a pour objectif d’accroître les échanges entre les scientifiques et la diffusion des méthodes de détection des résistances entre les communautés de chercheurs, notamment pour mieux prédire, retarder et/ou gérer la sélection des résistances.
Dans le domaine de la référence (analyses de première intention ou de confirmation, développement de méthodes d’analyse, animation de réseaux de laboratoires agréés notamment via l’organisation d’essais interlaboratoires, contrôle de réactifs, appui scientifique et technique, expertise…), le laboratoire de Lyon couvre les mandats suivants :
- Laboratoire national de référence pour les encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST) animales (encéphalopathie spongiforme bovine [ESB] et tremblante). A ce titre, le laboratoire de Lyon :
- Développe, optimise, valide et met en œuvre des techniques de référence pour les confirmations des diagnostics de première intention et pour le typage moléculaire des prions impliqués dans ces maladies,
- Conduit une activité de recherche sur cette thématique,
- Anime le réseau de laboratoires agréés EST,
- Organise les campagnes d’essai interlaboratoire d’aptitude sur les méthodes de dépistage à destination des laboratoires agréés,
- Conserve du matériel de référence EST et le met à disposition des laboratoires agréés,
- Assure le contrôle de lot pour l’un des tests de dépistage pour le compte du laboratoire référence de l’union européenne EST,
- Répond aux demandes d’appui scientifique et technique des autorités notamment en cas de réaffectation de locaux EST des laboratoires agréés.
- Laboratoire de référence sans mandat pour la péripneumonie contagieuse bovine (PPCB) et la pleuropneumonie contagieuse caprine (PPCC),
- Laboratoire de référence sans mandat pour la résistance aux pesticides, impliqué dans les plans de surveillance annuels « Résistances » du ministère de l’agriculture étudiant la résistance des bio-agresseurs des végétaux aux produits phytosanitaires,
- Laboratoire contributeur au mandat de Centre de Référence pour l’Antibiorésistance de la FAO.
Dans le domaine de la surveillance, le laboratoire de Lyon :
- Co-anime, avec le laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, le Résapath, réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes d’origine animale,
- Anime le réseau Vigimyc, réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants,
- Analyse la qualité des données des plans de surveillance et plans de contrôle en sécurité sanitaire des aliments,
- Centralise, analyse, prépare et transmet annuellement les données relatives aux zoonoses (ESST, tuberculose, brucellose, salmonelles, rage, West Nile, échinococcose) et à l’antibiorésistance (sur E. coli, salmonelles, Campylobacter) à l’Efsa dans le cadre des plans de surveillance européens.
Le laboratoire de Lyon est par ailleurs impliqué dans les trois plateformes nationales d’épidémiosurveillance :
- Plateforme d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA) : coordination, appui transversal en épidémiologie, informatique et biostatistiques, participation aux groupes de travail et de suivi,
- Consulter le site de la plateforme : https://www.plateforme-esa.fr/
- Plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) : appui transversal en épidémiologie, informatique et biostatistiques, participation aux groupes de travail et de suivi,
- Plateforme d’épidémiosurveillance en santé végétale (ESV) : coordination adjointe, appui transversal en épidémiologie, informatique et biostatistiques, participation aux groupes de travail et de suivi.
- Consulter le site de la plateforme : https://plateforme-esv.fr/
Au plan régional
VetAgro Sup, Université Lyon 1, Université Lyon 3, Université d’Auvergne, ENS de Lyon, Centre de Recherches en Neurosciences de Lyon, Bioaster, FREDON Rhône-Alpes, LVD69, Centre national de référence des Staphylocoques.
Au plan national
INRAE, Cirad, Inserm, CNRS, Institut Pasteur, ENVT, Oniris, ENVA, EFS-Montpelier, Institut du Cerveau et de la Moelle Epinière, Université Paris VII, Université de Limoges, Santé Publique France, CEA, Onerba, Adilva, SNGTV, AFVAC, AVEF, IFCE, Interbev, Idele, CTIFL, ACTA, GDS France, Chambres d’agriculture, APCA, Inria.
Au plan international
Federal Institute for Risk Assessment (BfR, Allemagne) ; Federal Office of Consumer Protection and Food Safety (BVL, Allemagne) ; Freie University (Allemagne) ; Friedrich Loeffler Institut (FLI, Allemagne) ; Institut Max Planck (MPIWG, Allemagne) ; Robert Koch Institute (RKI, Allemagne) ; Austrian Agency for Health and Food Safety (AGES, Autriche) ; Medical University of Vienna (Autriche) ; VIB-VUB Center for Structural Biology (Belgique) ; University of Calgary (Canada) ; University of Guelph (Canada) ; Statens Serum Institut (SSI, Danemark) ; Technical University of Denmark (DTU, Danemark) ; Complutense University of Madrid (UCM, Espagne) ; Fundación Púbica para la Gestión de la Investigación de Salud en Sevilla (FISEVI, Espagne) ; Ramón y Cajal Institute for Health Research (IRYCIS, Espagne) ; Veterinary Medical Research Institute of the Hungarian (VMRI, Hongrie) ; National University of Ireland Galway (NUIG, Irlande) ; University College Dublin (UCD, Irlande) ; European Food Safety Agency (Efsa, Italie) ; Istituto Superiore di Sanità (ISS, Italie) ; Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Piemonte (IZS, Italie) ; Université de Tripoli (Liban) ; Norwegian Veterinary Institute (NVI, Norvège) ; National Institute for Public Health and the Environment (RIVM, Pays-Bas) ; Nederlands Center for One Health (NCOH, Pays-Bas) ; Wageningen Bioveterinary Research (CVI, Pays-Bas) ; National Veterinary Research Institute (PIWET, Pologne) ; University of Veterinary and Pharmaceutical Science (VFU Brno, République Tchèque) ; National Veterinary Institute (SVA, Suède) ; Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV, Suisse) ; University of Fribourg (Suisse) ; Animal and Plant Health Agency, (APHA, UK) ; Cambridge University (UK) ; Exeter University (UK) ; Liverpool University (UK) ; Public Health England (PHE, UK) ; Lowa State University (USA) ; Finnish Food Authority Finland).
