L’unité conduit des activités de recherche et d’appui à la surveillance dans les domaines de la santé animale, de la santé végétale et de la sécurité de la chaîne alimentaire. Elle est composée d’épidémiologistes, de biostatisticiens, d’informaticiens et d’administrateurs de bases de données, ainsi que d’une secrétaire technique. Des doctorants et des stagiaires de troisième cycle viennent compléter cet effectif.

Activités de surveillance

L’unité assure des missions d’animation et d’appui scientifique et technique à plusieurs dispositifs de surveillance coordonnés par l’Agence :

• Résapath : réseau d'épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales en France ;
• Vigimyc : réseau d’épidémiosurveillance des mycoplasmoses des ruminants ;
• Réseau Salmonella : réseau national d'épidémiosurveillance des salmonelles d’origine non humaine sur l'ensemble de la chaîne alimentaire ;
• Resumeq : réseau de surveillance des causes de mortalité des équidés.

L’unité apporte également un appui ponctuel aux missions des laboratoires nationaux de référence dans le domaine de l’épidémiologie et de la surveillance (encéphalopathies spongiformes transmissibles, Xylella fastidiosa, antibiorésistance, etc.). Par ailleurs, l’unité coordonne la création d’un réseau européen de surveillance de l’antibiorésistance chez les animaux malades (EARS-Vet).

Suite au plan d’action « One Health » de l’Union européenne de 2017 contre l’antibiorésistance, une nouvelle action conjointe, EU-JAMRAI 2, vise à soutenir les États membres et pays associés dans leurs efforts pour élaborer et mettre à jour leur plan d'action national sur l’antibiorésistance.

Implication dans les plateformes de surveillance

L’unité contribue aux plateformes d’épidémio-surveillance en santé animale (ESA) , en santé végétale (ESV), et de surveillance de la chaine alimentaire (SCA). Des agents de l’unité participent à la coordination de la plateforme ESA, aux équipes opérationnelles et à des groupes de travail des trois plateformes, via leur expertise en épidémiologie, en biostatistiques et en informatique (sites web, applicatifs). L’unité contribue notamment à la veille sanitaire internationale des trois plateformes et à l’analyse de la qualité des données des plans de surveillance – plans de contrôles (PSPC) sur la chaine alimentaire pilotés par la Direction générale de l’alimentation (DGAL).

Dans le cadre de l’appui au ministère en charge de l’Agriculture et aux instances internationales, l’unité coordonne la rédaction et l’édition du Bulletin Epidémiologique Santé animale - Alimentation porté par la DGAL et l’Anses. Elle traite, analyse et transmet les données nationales de surveillance des zoonoses et de l’antibiorésistance à l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa). Enfin, elle appuie les actions de l’Organisation des Nations-Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) et de ses États membres dans le cadre du mandat de l’Anses de Centre de référence FAO pour l’antibiorésistance. Plusieurs scientifiques participent également ponctuellement à des groupes d’experts de Efsa.

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’unité ont pour finalité d’améliorer les méthodes de surveillance épidémiologique et de mieux comprendre les déterminants de l’état de santé des populations, dans les domaines de la santé animale, de l’antibiorésistance, de la sécurité sanitaire des aliments et de la santé végétale. Ces activités sont réalisées dans le cadre de programmes de financement nationaux ou européens.

Principaux projets de recherche en cours ou récents

One Health / surveillance intégrée

PROMISE (2021-2028)

Financement : PPR-AMR

En réunissant les principaux acteurs français impliqués dans la surveillance et la lutte contre la résistance antimicrobienne (RAM), l’objectif du projet PROMISE est de favoriser les synergies par la création d’une communauté One Health permettant aux réseaux/équipes académiques de partager les meilleures pratiques et leurs expertises, et de coordonner leur action. L’action de PROMISE repose sur 4 piliers transdisciplinaires et intersectoriels : i) le renforcement des synergies pour améliorer la surveillance One Health de la consommation d'antibiotiques et de la RAM, ii) le partage de données pour améliorer les connaissances des professionnels, iii) l’amélioration de la recherche clinique, iv) le rayonnement du méta-réseau en Europe. En savoir plus sur le projet PROMISE

INTERSECTION (2024-2028)

Financement : EcoAntibio2

L’objectif du projet INTERSECTION est de produire des indicateurs intersectoriels et territorialisés de surveillance de la résistance et des usages d’antibiotiques en France, et de faciliter l’utilisation et l’analyse de ces indicateurs, dans une démarche One Health. La création d’un entrepôt de données (initié dans le projet PROMISE), rassemblant des données de surveillance issues des 3 secteurs, facilitera le calcul de ces indicateurs, qui seront ensuite mis à disposition via un tableau de bord interactif et synthétique. En savoir plus sur le projet INTERSECTION

COMEDIA (2024-2027)

Financement : Shape-Med@Lyon (France 2030, ANR)

L’objectif de ComEDIA-Lyon est de rapprocher les données sur l’antibiorésistance et l’usage d’antibiotiques, ainsi que sur la présence de résidus d’antibiotiques en santé humaine, animale et dans l’environnement, afin d’étudier la diffusion des bactéries et des gènes de résistance dans les différents milieux. Il s’agira aussi de caractériser le rôle de divers facteurs influençant l’usage des antibiotiques et la diffusion de résistance : épidémies hivernales, facteurs météorologiques, densité de population, accès aux soins, niveaux de vie, etc. Cette étude, ciblée sur un territoire géographique circonscrit (métropole de Lyon), facilite le recensement des expertises locales, le recueil de données spécifiques et leur interprétation. Les résultats obtenus permettront de faire des recommandations sur les moyens de lutte contre l’antibiorésistance à l’échelle de notre territoire. En savoir plus sur le projet COMEDIA

Surveillance intégrée des dangers sanitaires chez les animaux (2026-2028)

Financement : partenariat européen sur la santé et le bien-être animal (PAHW)

Le projet vise à développer des réseaux intégrés facilitant l’utilisation de données épidémiologiques, cliniques et génomiques harmonisées pour la surveillance des maladies chez les animaux. À partir d’une cartographie des systèmes de surveillance des maladies bovines au sein des pays européens, il s’agit d’identifier les données collectées, notamment les données de séquençage haut débit (WGS), et d’évaluer la capacité d’utilisation de ces données pour établir un système de surveillance intégrée à l’échelle européenne. Ce travail est réalisé en collaboration avec l’unité MYCO du laboratoire de Lyon et le réseau de surveillance Vigymic. Des pistes méthodologiques pour faciliter l'échange et le traitement harmonisé des données entre les différents partenaires et disciplines seront proposées. Consulter le site du PAHW pour en savoir plus sur le partenariat 

MATRIX (2020-2023) 

Connecting dimensions in One-Health surveillance

Financement : EJP One Health

L’outil OH-EpiCap a été développé pour décrire et évaluer la qualité de la surveillance épidémiologique de dangers sanitaires pouvant toucher à la fois l’Homme, les animaux et l’environnement. Cet outil évalue : l’organisation du système de surveillance One Health, le fonctionnement des collaborations au niveau opérationnel et l’impact de l’approche One Health sur la surveillance et la santé. L’évaluation est réalisée lors d’un workshop d’une demi-journée par un panel de représentants des différents secteurs et disciplines impliqués dans la surveillance du danger étudié, en utilisant une application web Shiny dédiée (en accès libre). En savoir plus sur les résultats du projet MATRIX 

Épidémiologie des bactéries pathogènes d’importance vétérinaire

DYNAMR (2025-2027) / DYNASTY (2024-2026)

Financements : EcoAntibio3 et réseau SAARA (Santé animale en région Auvergne Rhône-Alpes)

La phylodynamique, qui associe diversité génétique et épidémiologie, émerge comme un outil prometteur pour comprendre la diffusion des bactéries en lien avec les usages d’antibiotiques. Ces projets visent à étudier l’évolution et la dynamique épidémique de lignées d’Escherichia coli et Acinetobacter baumannii résistantes aux antibiotiques.

ENVIRE (2022-2025)

Financement : JPI-AMR

Le projet ENVIRE a évalué la diffusion de l’antibiorésistance dans les élevages de volailles et dans l’environnement, afin de réduire les risques pour l’Homme. L’unité a développé un modèle d’analyse quantitative des risques de contamination via l’alimentation et l’activité professionnelle. L’impact de différents types d’interventions en élevage a été évalué : élevage sans antibiotique, vaccination contre E. coli, utilisation de bactériophages et de la phytothérapie comme alternatives aux antibiotiques, traitement des effluents d’élevage. Cinq pays européens et la Tunisie ont participé au projet, incluant des études expérimentales et des études sur le terrain. En savoir plus sur le projet ENVIRE

Surveillance syndromique

OMAR (Observatoire de la mortalité des animaux de rente) – bovins (depuis 2013)

Financement : Ressources propres

La surveillance syndromique, qui consiste à suivre des indicateurs non spécifiques pour surveiller les événements sanitaires, est un outil puissant pour la détection précoce de menaces, tels que des maladies ou des événements climatiques. Le dispositif de surveillance OMAR-bovins est une illustration de travaux de recherche sur la surveillance syndromique qui ont été menés jusqu’à leur passage à un stade opérationnel. Cet observatoire repose sur la modélisation des données de mortalité bovine à des fins de détection de surmortalité. Des projets de recherche associés à OMAR se poursuivent dans l’unité avec, par exemple, l’analyse de la distribution spatiale et temporelle des alarmes.  En savoir plus sur OMAR-bovins

HappyFox (2024-2025) / Eyes and Ears (2026-2028)

Financement: Ressources propres / Partenariat européen pour la santé et le bien-être des animaux

Le projet HappyFox, mené en collaboration avec le Laboratoire de la Rage et de la Faune Sauvage à Nancy, vise à surveiller la santé et le bien-être de renards en captivité à partir d’enregistrements vidéos et de données d’implants, qui permettent un suivi en temps-réel en minimisant les contacts directs avec les animaux. Ce projet associe des méthodes de machine learning et de modélisation de séries temporelles afin d’identifier des changements de comportements associés à une maladie infectieuse, par exemple la rage, ou à une dégradation du bien-être. En collaboration avec le Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort et d’autres collègues européens, des développements similaires appliqués aux porcs et poissons sont actuellement en cours de développement à partir de données vidéos et acoustiques.

REACTOSURVEILLANCE (depuis 2021)

Financement : Ressources propres / GDS-France / CIFRE

Des travaux de recherche sont menés depuis plusieurs années pour appliquer l’approche de surveillance syndromique à des fins de réactosurveillance en santé animale, c’est-à-dire la surveillance des performances des analyses diagnostiques. Ces travaux, initiés sur la Rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR), visent à déployer à terme des outils opérationnels au service des laboratoires nationaux de référence (LNR) et des gestionnaires de la surveillance, pouvant être utiles aussi bien à la réactosurveillance qu’à l’épidémiosurveillance, en détectant précocement des anomalies dans les séries temporelles des résultats de surveillance programmée.

Evaluation et amélioration de la surveillance en santé végétale et santé animale

EpiXyl (2025-2028)

Financement : Ministère en charge de l’Agriculture     

Le projet de thèse EpiXyl porte sur l’épidémiologie et pathogénicité des souches françaises de la bactérie de quarantaine Xylella fastidiosa. Il vise à produire des connaissances scientifiques pour anticiper le risque épidémique de cette bactérie de quarantaine prioritaire. Le projet comprend une étude phylodynamique, l’étude du pouvoir pathogène et l’appui à l’épidémiosurveillance grâce aux analyses des données de surveillance et analytiques. Ce projet est réalisé en collaboration avec l’unité Bactériologie, virologie, OGM (BVO) du Laboratoire de la santé des végétaux (LSV) d’Angers.

ASAP (2025-2029)

Financement : Plan d’action stratégique pour l’anticipation du potentiel retrait européen des substances actives et le développement de techniques alternatives pour la protection des cultures (PARSADA)

Le projet ASAP (Anticipation et Surveillance de l’Adaptation des bioagresseurs aux Pesticides) vise à surveiller et caractériser l’évolution des phénomènes de résistance des bioagresseurs des plantes vis-à-vis des méthodes de lutte. Le retrait de nombreux produits de protection des plantes risque d’engendrer un report de la pression de sélection vers les méthodes de lutte restantes et de fragiliser la résilience de notre système agricole. En collaboration avec les membres du Réseau de réflexion et de recherche sur la résistance aux pesticides (R4P), des unités INRAE et de nombreux instituts techniques agricoles, ce projet combine des approches de surveillance de terrain avec des axes de recherche plus fondamentaux. Ce projet est réalisé en collaboration avec l’Unité sous contrat Caractérisation et suivi des phénomènes d’évolution des résistances (USC CASPER) du laboratoire de Lyon.

PHYDEMO (2023-2027)

Financement : Compte d'affectation spéciale pour le développement agricole et rural (Casdar)
Le projet PHYDEMO s’intéresse à la recrudescence des risques liés aux phytoplasmes, qui sont des bactéries préoccupantes pour les professionnels de la filière française « arbres fruitiers ». Les travaux visent à  améliorer les outils de détection mobilisables en laboratoire et au champ, évaluer l’état sanitaire des vergers, acquérir des connaissances sur l’épidémiologie et les facteurs favorisant la maladie et évaluer des leviers de contrôle pour gérer durablement la maladie. En savoir plus sur le projet PHYDEMO

UTOPIA (User Tool for Outbreak Prevention and Introduction Assessment) (2023-2026)

Financement : European Union’s Horizon 2020  research and Innovation programme

Dans le domaine de la santé animale, l’unité développe l’outil UTOPIA pour appuyer les activités de veille sanitaire internationale de la plateforme ESA et l’évaluation des risques par l’Anses (dans le cadre du projet MOOD). Cet outil est basé sur les données de mouvements d'animaux vivants et de produits/sous-produits d'origine animale enregistrés dans la base européenne de traçabilité des mouvements internationaux TRACES-NT.