L’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB) contribue aux politiques nationales et internationales de lutte contre la résistance aux antibiotiques. Elle est composée de neuf personnels permanents, dont trois chercheurs et six ingénieurs ou techniciens. Elle accueille régulièrement des étudiants à différents stades de leur cursus universitaire (master, thèse, post-doctorat).

Activités de surveillance

L'unité participe au renforcement des dispositifs de surveillance (réseaux Résapath et EARS-Vet (European Antimicrobial Resistance Surveillance network in veterinary medicine)). Elle est également impliquée dans les actions stratégiques nationales (rapport Carlet, plans Ecoantibio, feuille de route interministérielle pour la maîtrise de l’antibiorésistance, Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance). Enfin, elle contribue aux activités du Centre de référence de la FAO sur l’antibiorésistance, mandat international attribué à l’Anses depuis 2020.

Activités de recherche

L’unité contribue à une meilleure compréhension du risque pour l’être humain provenant de l’antibiorésistance des bactéries portées par les animaux et dans l’environnement. Elle met en œuvre des approches de microbiologie conventionnelle, moléculaire, génomique et fonctionnelle. Les axes de recherche portent notamment sur les flux de gènes entre l’animal, l’environnement et l’être humain (approche « One Health ») et l’impact de l’exposition aux antibiotiques sur les microbiotes. Dans le cadre de la recherche d’alternatives limitant l’impact des antibiotiques, l’unité s’est aussi engagée dans le champ de la phagothérapie. Elle participe à des programmes européens et internationaux (Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance (JPIAMR), FAO).

Principaux projets de recherche en cours

DYASPEO (2021-2027)

Dynamiques de diffusion, persistance et évolution de l'antibiorésistance entre l'Homme, l'animal et leur environnement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les stratégies de contrôle de la transmission de l’antibiorésistance de l’animal à l’Homme sont principalement centrées sur la chaîne alimentaire. Pour autant, c’est le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) transmis à l’Homme par contact avec le porc - et non par l’alimentation - qui a entrainé la seule crise politique majeure en Europe depuis 20 ans. Dyaspeo fait l’hypothèse que le contact avec un animal de compagnie (un foyer sur deux en France) joue également un rôle, et associe des compétences en médecine humaine, vétérinaire, sciences sociales, génomique, mathématiques, modélisations in vitro/in vivo, pour clarifier cette question.

Seq2Diag (2021-2027)

Séquençage du génome entier et intelligence artificielle pour caractériser et diagnostiquer la résistance aux antibiotiques et la capacité d'échapper au traitement

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Les techniques de séquençage du génome bactérien ont révolutionné notre compréhension de l’antibiorésistance. Seq2Diag vise une preuve de concept de leur utilisation dans les laboratoires de médecine humaine et vétérinaire comme outil de diagnostic in silico de sensibilité aux antibiotiques. Ce projet associe des compétences en microbiologie humaine et animale, génomique, pharmacologie et intelligence artificielle. Ces travaux permettront également de découvrir de nouveaux mécanismes de résistance et d’échappement au traitement.

NAILR (2021-2026)

Nouveaux anti-infectieux à résistance limitée

Financement : Programme prioritaire de recherche sur l’antibiorésistance (ANR-PIA3)

Face au déficit de nouveaux agents antimicrobiens, NAILR étudie quatre composés d’une nouvelle famille de peptidomimétiques. Le consortium réunit des microbiologistes, biochimistes, structuralistes, vétérinaires, cliniciens, pharmacologues, écologues et experts du microbiome intestinal pour déterminer le spectre complet de l’activité antimicrobienne de ces composés.

Fight-AMR (2024-2026)

Nouvelle approche de surveillance globale pour lutter contre la résistance aux antibiotiques à l'aide de l'intelligence artificielle et du data mining

Financement : ERA-NET JPIAMR-ACTION (DISTOMOS)

Ce projet vise à développer de nouvelles solutions de surveillance alimentées par l’intelligence artificielle afin d'identifier le risque accru d'émergence de la résistance aux antibiotiques (AMR) et la dynamique de sa propagation par la voie alimentaire, sur la base du concept « One Health ». Il sera basé sur une approche triangulaire visant à 

• développer une cloud-solution comprenant l'apprentissage auto-adaptatif pour intégrer et exploiter les données publiques provenant de différentes sources (métagénomique, phénotypes, satellite, etc.), différentes échelles (région/milieu/pays, etc.) et différents contextes (humains, animaux, etc.) ;
• mener une campagne expérimentale de collecte d'échantillons guidée par l'IA et
• identifier des biomarqueurs contrôlables indiquant un risque accru de maladies infectieuses.

SHINE-Vet (2025-2027)

Hygiène et infections nosocomiales en établissements vétérinaires

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

En médecine vétérinaires, les HAI (Hospital-Acquired Infections, ou infections nosocomiales) recouvrent toutes les infections acquises par un animal lors de son hospitalisation. Ce projet a pour but de mieux comprendre les causes et la dynamique des HAI afin de pouvoir les éviter au maximum. Il comportera deux axes, à savoir une étude longitudinale prospective menée dans six établissements de santé vétérinaire visant à cartographier la contamination microbiologique, et la mise en place d’un groupe de travail multidisciplinaire visant à émettre des recommandations pour la prévention et la gestion des HAI. 

COMPASCOPE (2025-2027)

Étude du portage sain de bactéries multi-résistantes chez les chiens et chats

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

En France, la surveillance actuelle des animaux de compagnie inclut uniquement les bactéries pathogènes (Résapath) puisqu’il n’existe aucun système de surveillance programmée de bactéries résistantes présentes en portage sain chez les animaux qui ne sont pas destinés à la consommation. Ce projet a pour but de faire un premier état des lieux du portage sain de bactéries multi-résistantes (BMR) chez les chiens et les chats de la région Nouvelle-Aquitaine. Les résultats permettront, en fonction de la prévalence observée pour chacun des pathogènes, d’apprécier la pertinence ou non de mettre en place un système régulier de surveillance de l’AMR en portage sain chez les animaux de compagnie, ainsi que de décliner des actions pour empêcher sa propagation.

SentiRub (2026-2028)

Etude du rôle des rongeurs péri-domestiques comme sentinelles de l’antibiorésistance en milieu urbain dans le cadre d’une approche « une seule santé »

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

Le projet SentiRub documentera la présence de bactéries multi-résistantes dans les populations de rongeurs à Lyon en fonction des sources de contamination de leur habitat (proche d’hôpitaux, de parcs canins ou de stations d’épuration). Cette approche “One Health” coordonnée permettra de déterminer si les rongeurs peuvent être des indicateurs de foyers de contamination, et ainsi jouer un rôle dans la surveillance de l'AMR et dans la mise en œuvre de stratégies de santé publique.

ResaFaune (2026-2028)

Surveillance de l'antibioresistance dans la faune sauvage

Financement : EcoAntibio3 (Plan national 2023-2028)

Un dispositif de surveillance de l'antibiorésistance dans la faune sauvage n'existe pas à ce jour en France. Seules les espèces animales domestiques sont surveillées dans le cadre du Résapath. Ce projet vise ainsi à poser les bases et la preuve de concept d'une surveillance nationale de l'antibiorésistance en faune sauvage, qui soit élaborée autour de structures professionnelles reconnues pour leur expertise dans ce secteur animal, et incluses dans un dispositif coordonné permettant de fournir des données fiables et régulières sur l'état des lieux de sa contamination par l'antibiorésistance.

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