Le laboratoire est structuré en cinq unités dont les activités de recherche sont détaillées dans les liens suivant :

• Unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (AVB)
• Unité Épidémiologie et appui à la surveillance (EAS)
• Unité Maladies neuro-dégénératives (MN2D)
• Unité mixte de recherche Anses - VetAgro Sup Mycoplasmoses animales (UMR MYCO)
• Unité sous contrat (USC) INRAe Caractérisation et suivi des phénomènes d’évolution de résistance aux produits de protection des plantes (CASPER)