Activités de recherche du laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé

Virologie

• développement de nouvelles méthodes de diagnostic et de prévention des viroses animales majeures (virus de la fièvre aphteuse, de la fièvre catarrhale ovine,viroses équines …) ; 
• animation de réseaux en épidémiologie (virus West Nile, autres virus équins, virus FCO) ; 
• analyse du risque de transmission de l'animal à l'homme (virus West Nile, virus Borna, coronavirus, picornavirus, virus hépatite E…) ; 
• analyse des risques potentiels pour la santé publique liés à des virus animaux: interactions virus/hôte, transmissions inter espèce ; 
• travail générique en vaccinologie: développement de nouveaux vecteurs associés à des gènes codant pour des antigènes majeurs de différents virus d'importance économique ;
• développement d’outils moléculaire de surveillance de l’infection des tiques par des arbovirus zoonotiques.

Zoonoses parasitaires: « helminthes et protozooses transmises par les aliments »

• études épidémiologiques visant à une meilleure connaissance de la circulation et de la prévalence chez certaines espèces animales sauvages ou domestiques (ex. : Toxoplasma, Alaria alata), à la détermination du rôle de certains d’acteurs inhabituels dans le cycle épidémiologique (ex. chien et Trichinella en Corse) et  à une meilleure appréhension risque qui pourrait en résulter pour l’Homme ;
• mise en place de nouveaux outils de dépistage et de diagnostic chez différentes  espèces animales des agents zoonotiques parasitaires transmis par les     aliments d'origine carnée, en particulier Trichinella Toxoplasma et Cryptosporidium ;
• développement d’outils cellulaires d’évaluation de l’infectiosité de protistes zoonotiques (Cryptosporidium) ;
• mise en place de nouveaux outils vaccinaux (ex. Toxoplasma) ou de criblage de molécules à visée thérapeutique Cryptosporidium) en vue de l’optimisation de la lutte contre les agents zoonotiques parasitaires transmis par les aliments d'origine carnée.

Tiques et agents pathogènes vectorisés

Comme Bartonella, Anaplasma…, virus zoonotiques à transmission vectorisée (exemple le virus de l’encéphalite à tiques):

• développement et validation d'outils de diagnostic direct (biologie moléculaire) ou indirect (immunologie) et leur insertion dans un dispositif de décision sanitaire validé au plan épidémiologique (ex. : développement d’outils moléculaires de criblage pour la surveillance de l’émergence des agents pathogènes (bactériens et viraux) transmis par les tiques, en collaboration avec d’autres unités de l’Anses) ;
• développement d'approches génériques pour l’étude des interactions entres les agents pathogènes vectorisés par les arthropodes: identification des facteurs de virulence à l'aide d'une banque de mutants, mise en place d’élevages de tiques, modèles expérimentaux d’'infection chez la souris ;
• développement de méthodes alternatives de séquençage total en vue d’une meilleure connaissance des espèces bactériennes concernées, des relations intra-espèce et du potentiel zoonotique des souches d’origine animale (ex. Anaplasma) ;
• étude des interactions entre les bactéries vectorisées et leurs hôtes vertébrés et invertébrés pour l’élucidation des mécanismes impliqués dans la virulence et le développement de techniques de caractérisation des souches zoonotiques et la mise au point de vaccins.

Zoonoses bactériennes

Notamment Brucella sp., Chlamydia, Mycobacterium sp., Bacillus anthracis, Burkholderia sp. ; bactéries zoonotiques à transmission vectorisée comme Francisella tularensis:

• développement d'outils de différenciation phénotypique ou moléculaire des souches bactériennes permettant un suivi épidémiologique plus précis des foyers et l'établissement des relations entre foyers animaux et cas humains ;
• vers des approches « One Health », visant à étudier les interactions entre les agents pathogènes, les espèces hôtes et l’environnement. Plusieurs projets sont dédiés à la surveillance de la faune sauvage et le rôle de différentes espèces dans la transmission des agents pathogènes. D’autres projets sont axés sur la présence et la persistance dans l’environnement, notamment les étendues d’eau, avec la possibilité d’investiguer la survie des agents pathogènes dans les amibes ;
• appliquer les nouvelles technologies haut-débit aux activités de référence (notamment typage moléculaire de souches ; conception de puces de détection multipathogènes ou de diagnostic différentiel) et de recherche (approches phylogéographiques ; études des gènes de virulence ou de gènes impliqués dans la survie ; travaux de modélisation associés aux voies de transmission). Le séquençage de nouvelle génération (NGS: Next Generation Sequencing) est la révolution biotechnologique de ces dernières années, qui permet de séquencer de grandes quantités de génomes en des temps records et à des tarifs désormais plus abordables ;
• réalisation d'études épidémiologiques chez les animaux de production pour la validation des outils diagnostiques et/ou de dépistage, dans la faune sauvage et/ou chez les vecteurs pour la surveillance sanitaire, l'identification de populations réservoirs et/ou victimes d'infections bactériennes en collaboration avec d'autres laboratoires de l'Anses et d'autres organismes.

Épidémiologie

• modélisation, aide à la décision et bio-statistiques appliquées à différents modèles d'agents pathogènes animaux (Tuberculose des cervidés, FCO, Trichinellose…) ;
• veille sanitaire, évaluation et analyse de risques, systèmes d'intervention en cas d'urgence appliqués notamment à la surveillance des maladies vésiculo-aphteuses, et en particulier de la fièvre aphteuse. 
   

Mycologie

Mycoses opportunistes et infections émergentes » (Aspergillus, Pneumocystis…)

• caractérisation de la circulation des agents fongiques, tout particulièrement dans un modèle ex vivo ;
• analyse de la résistance des mycètes aux anti fongiques ;
• étude de la relation entre l'homme et l'animal dans la diffusion des champignons opportunistes.

Physiopathologie et épidémiologie des maladies équines (antenne Normande)

• caractérisation et typage moléculaires des isolats de Taylorella equigenitalis, agent de la métrite contagieuse équine, et Taylorella asinigenitalis en circulation dans les populations équine et asineen France et en Europe.
• étude de l’écologie de l’agent de la métrite contagieuse équine au sein de la microflore du tractus génital des équidés avec pour objectif de perfectionner les méthodes de détection et de contrôle.
• études de la virulence et de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes d’origine équine issues de la souchothèque autopsie et d’enquêtes épidémiologiques.
• développement de nouveaux outils de diagnostic sérologique et moléculaire pour la dourine et les « trypanosomoses équines ».
• étudier les bases moléculaires impliquées dans les différents modes de transmission des maladies animales dues aux parasites du sous genre Trypanozoon responsables de maladies mortelles chez les animaux domestiques et l’homme.
• coordination du réseau national de surveillance des causes de mortalité équine (Resumeq)
• structuration de la surveillance épidémiologique de la filière équine au travers du projet de valorisation combinée des données démographiques et sanitaires équines (Valdonequi).
• étude de l’évolution de l’antibiorésistance des principales espèces bactériennes responsables d’avortement et de mortinatalité chez les équidés.
• caractérisation moléculaire (NGS, WGS…) des souches d'anémie infectieuse des équidés et d’artérite virale équine rencontrées en France et en Europe.
• déterminer si le virus de l’influenza D (grippe) circule au sein de la population équine,
• amélioration des méthodes de diagnostic sérologique et moléculaire pour l'anémie Infectieuse des équidés et l’artérite virale équine.
• étude des interactions hôte-pathogène afin de mieux comprendre les mécanismes de persistance des virus de l’AVE et de l’AIE chez leur hôte : le cheval.
• identification de molécules synthétiques et/ou naturelles présentant des propriétés antimicrobiennes afin de développer des traitements ciblés contre les virus et bactéries infectant les équidés comme alternative à l’antibiothérapie.

L'unité fait également partie du pôle d'excellence Normandie Equine Vallée.