Unité Virologie porcine, innovation et génomique (VIRPIG) du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort

L’unité VIRPIG conduit des activités de référence, d’expertise scientifique et technique et de recherche sur les maladies virales du porc. Les virus étudiés peuvent être responsables de maladies à déclaration obligatoire, comme les pestes porcines ou la maladie d’Aujeszky, ou de maladies ayant un fort impact en santé animale et sur l’économie de la filière de production, comme le syndrome dysgénésique et respiratoire porcin, l’influenza porcin, certaines coronaviroses et des circoviroses. D’autres infections dont les conséquences en élevage sont moins bien documentées font l’objet d’études exploratoires et une attention particulière est réservée aux virus émergents ou ré-émergents. Certains virus porcins sont capables de franchir des barrières inter-espèces, principalement les virus influenza porcins, qui sont zoonotiques. Les travaux sur ces pathogènes sont menés selon le concept « Une seule Santé », en lien notamment avec les acteurs de la santé publique.

Activités de référence

L’Unité VIRPIG est Laboratoire national de référence (LNR) pour la peste porcine classique, la peste porcine africaine, la maladie d’Aujeszky, l’influenza porcin et le syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (SDRP). De plus, elle est Laboratoire de référence de l’Organisation mondiale de la santé animale (OMSA) pour la maladie d’Aujeszky, et laboratoire expert de la DGAL (Direction générale de l’alimentation) pour la diarrhée épidémique porcine. Elle est accréditée par le Cofrac pour ses activités de référence, au titre des guides LAB GTA 27 (Essais et analyses en immuno-sérologie animale), LAB GTA 32 (Essais et analyses en virologie animale) et BIO MOL SA (Analyses de biologie moléculaire en santé animale), ceci sur des portées fixes ou flexibles. 

Activités de surveillance

L’unité VIRPIG contribue aux actions de surveillance pilotées par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA). Elle participe aux groupes de suivi « Pestes porcines suidés d’élevage », « Pestes porcines faune sauvage », « Aujeszky » et « Virus influenza porcins », et est fortement impliquée dans des dispositifs comme le Résavip, Réseau national de surveillance des virus influenza A chez le porc. Les données issues de la surveillance sont utilisées pour améliorer et adapter les outils de diagnostic et nourrissent les questions de recherche.

Activités de recherche et développement

Les travaux de recherche menés sur les viroses porcines s’articulent autour de cinq axes principaux : 

•  amélioration des outils de détection, 

• caractérisation et étude de l’évolution des souches en circulation chez les suidés,

• étude de leur dynamique, de leur mode de transmission et de leur capacité de franchissement des barrières d’espèces, 

• compréhension des mécanismes impliqués dans le pouvoir pathogène et les défenses de l’hôte, 

• développement de nouveaux vaccins et évaluation de l’efficacité et de l’innocuité de vaccins existants. 

L’Unité VIRPIG mène également des travaux transversaux de développement de méthodes innovantes (in vitro et ex-vivo) pour l’étude des agents pathogènes, ainsi que des travaux de recherche en bioinformatique appliquée. Ces travaux servent les thématiques de recherche propres à l’unité sur les viroses du porc, mais également les thématiques de recherche portées par les autres unités du Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, voire d’autres laboratoires de l’Anses. 

Plateforme nationale de séquençage

L’Unité VIRPIG héberge par ailleurs la « Plateforme nationale de génomique : séquençage haut débit et transcriptomique » (plateforme NGS) de l’Anses. La mission de cette plateforme est d’apporter une expertise et un soutien aux entités de l’Agence pour la réalisation de leurs projets de séquençage haut débit et/ou analyses transcriptomiques, ainsi que pour la mise en œuvre de méthodes innovantes basées sur le séquençage haut débit.