Formulaire de recherche

anses

Agence nationale de sécurité sanitaire
de l’alimentation, de l’environnement
et du travail

Le Programme conjoint européen EJP One Health

Coordonné par l’Anses, ce programme a pour objectif l’acquisition de connaissances nouvelles dans les domaines des zoonoses alimentaires, de l’antibiorésistance et des risques émergents.

Le concept international « One Health, une seule santé » reconnait que la santé humaine est étroitement dépendante de la santé des animaux et de l’environnement, et que les contaminants qui, via l’alimentation notamment, affectent la santé humaine, la santé animale et l’environnement sont intimement liés. C’est dans ce contexte qu’a été initié le Programme conjoint européen (EJP) « One Health ».

Un consortium original et intégré…

L’EJP « One Health » contribue à renforcer les collaborations entre ses 39 partenaires (dont l’association Med-Vet-Net), issus de 19 pays européens dont 18 sont membres de l'Union Européenne, avec pour chaque pays des partenaires représentant les secteurs de la santé publique humaine et de la santé publique vétérinaire. Ces partenaires, détenteurs pour la plupart de mandats de référence sur les zoonoses alimentaires, forment un réseau organisé et représentent une communauté de recherche intégrée. Leur objectif est de permettre des avancées significatives dans les domaines des zoonoses alimentaires, de la résistance aux antibiotiques et des menaces zoonotiques émergentes.

… en interaction avec la communauté scientifique

Tout en s’assurant d’une bonne interaction avec les autres grands projets financés par la Commission européenne, l’EJP « One Health » génère des données scientifiques destinées à alimenter l’analyse des risques sanitaires et leur évaluation par les agences nationales et européennes. Dans cet objectif, deux appels à projets internes ont été lancés en 2016 et en 2019 qui ont permis de financer 29 projets. Par ailleurs, dans le cadre de ses activités de formation scientifique, l’EJP « One Health » finance des programmes de thèses (2 appels internes), des échanges scientifiques de courte durée, des universités d’été, des séminaires etc.

L’une des priorités du réseau est de veiller à la bonne diffusion des informations au sein de la communauté scientifique. Ainsi, les activités scientifiques menées par les équipes du projet ont été mises à l'honneur lors de la première conférence scientifique annuelle de l'EJP One Health (Annual Scientific Meeting) qui s'est tenue du 22 au 24 mai 2019 à Dublin et qui a accueilli plus de 300 participants. En outre, l'EJP One Health s’appuie sur un site internet (https://onehealthejp.eu/).

L’Anses : un acteur stratégique et un acteur de la recherche

En France, les partenaires de l’EJP « One Health » sont l’Inra, l’Institut Pasteur et Santé publique France en tant que partenaire associé de l'Anses. L’Anses assure la coordination du projet en lien privilégie avec le partenaire belge Sciensano pour la coordination des activités scientifiques de l'EJP "One Health", et participe aux instances de gouvernance du projet, notamment au comité de pilotage scientifique (Scientific Steering Board).

Différents laboratoires de l’Anses sont également impliqués dans les activités scientifiques mises en œuvre par l’EJP One-Health. Des équipes de recherche des laboratoires de l’Anses (Lyon, Ploufragan-Plouzané-Niort, santé animale de Maisons-Alfort et de Dozulé, Fougères et Hydrologie de Nancy) participent à 10 projets retenus dans le cadre du premier appel à projets de l’EJP. Trois projets de thèse, supervisés par les équipes de l’Anses, ont également été sélectionnés et financés par l’EJP.

Projets financés par l’EJP (premier appel à projets) avec participation Anses

Projets de recherche, coordonnés par l’Anses :

Le projet TOX-detect coordonné par le laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort, avec le soutien du laboratoire d’hydrologie de Nancy et du laboratoire de Fougères, a comme objectif de proposer de nouvelles approches ("non-NGS") pour mieux caractériser et comprendre l’implication des trois bactéries, Staphylococcus aureus à coagulase positive, Bacillus cereus et Clostridium perfringens, dans les épisodes de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). En effet, les toxines produites par ces trois pathogènes représentent la 2ème cause de TIAC en Europe selon les rapports EFSA (European Food safety Autority), mais seulement 10% des cas ont été déclarés « confirmés ». Au sein du projet ToxDetect, une batterie d’outils permettant la détection et la quantification des toxines de S. aureus, B. cereus et de C. perfringens, ou des facteurs impliqués dans la virulence de ces bactéries y compris ceux qui restent actuellement indétectables (menaces émergentes) sera développée.

La mise en place des techniques développées dans ce projet permettra de proposer une batterie d’outils supplémentaires afin de mieux caractériser les épisodes toxiques d'origine alimentaire, contribuant ainsi à une meilleure protection de la santé des consommateurs.

L’unité SBCL (Staphylocoques, Bacillus, Clostridies, Lait) du laboratoire de sécurité des aliments, coordinatrice du projet, est en charge des WP0 et WP5 dédiés au management et la communication et aux essais inter laboratoire, respectivement. Dans le WP1 dédié à la constitution d’une collection de souches de référence, le laboratoire d’hydrologie de Nancy est en charge de la tâche 1.4 dédiée à la caractérisation de cette collection par MALDI-ToF. L’unité SBCL et le laboratoire de Fougères sont aussi impliqués en tant que responsables de tâches dans le WP2 dédié à la caractérisation des toxines et des facteurs de virulence. Enfin, l’unité SBCL co coordonne avec l’INRA le WP6 sur la dissémination et la valorisation des résultats.

Le projet "Listadapt" vise à élucider quels sont les gènes et mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation de Listeria monocytogenes (Lm) à ses différentes niches écologiques. La combinaison des technologies NGS et des méthodologies phénotypiques sont mise en œuvre pour comparer les données d'un large ensemble de souches provenant de l'environnement, des animaux, des aliments et de cas cliniques dans plusieurs pays européens. Les méthodologiques statistiques d’association entre les phénotypes et les données génomiques, permettront d’identifier des facteurs moléculaires clés qui pourraient contribuer à la capacité de Lm à coloniser des environnements particuliers. Ces facteurs pourraient expliquer pourquoi les complexes clonaux réussissent dans un environnement donné et échouent dans un autre. Le fonctionnement opérationnel de "Listadapt" sera largement facilité par l'utilisation de procédures opératoires normalisées (SOP) pour la production et l'analyse des données du séquençage du génome entier (WGS) et des outils bio-informatiques précédemment développés pour le projet EU Horizon 2020-COMPARE. Les partenaires de ce consortium comprennent le laboratoire Anses de référence de l'Union européenne (EURL) pour Lm, 7 laboratoires nationaux de référence (LNR) pour Lm, dont deux sont également des laboratoires nationaux de santé publique et le LRUE pour la résistance aux antimicrobiens. Ce projet multidisciplinaire bénéficiera (i) de l'expertise des partenaires en matière de sécurité sanitaire des aliments et de santé animale et publique, (ii) encouragera les partenaires à utiliser le WGS pour la surveillance de la Lm dans leur pays, (iii) d'infrastructures de haut niveau et (iv) de 9000 souches déjà disponibles au sein du consortium, dont 2000 sont entièrement séquencées. De nouveaux tests moléculaires pour la détection des souches Lm dans les secteurs alimentaire, animal et clinique pourraient également découler de ce projet, avec un impact important pour les laboratoires impliqués dans la surveillance de Lm.

Projets de recherche, avec une participation des équipes des laboratoires de l’Anses :

Ardig vise à explorer, dans six pays européens, l’impact sur l’antibiorésistance des différences nationales de pratiques et de contextes d’usages des antibiotiques, tant en médecine humaine que vétérinaire. Ardig comparera la dynamique de l’antibiorésistance chez l’Homme, chez le porc et chez le veau au regard des conditions spécifiques de chaque pays. L’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (Anses- laboratoire de Lyon) apporte son expertise sur les résistances aux antibiotiques chez les bactéries responsables d’infections animales en France (Résapath), ainsi que sur les caractéristiques génomiques des bactéries multirésistantes et leurs dynamiques de transmission en filière bovine.

IMPART comporte quatre volets liés au développement et à l’harmonisation des méthodes phénotypiques de détection de la résistance aux antimicrobiens, conformément au plan d’action de la Commission contre les menaces croissantes liées à la résistance aux antimicrobiens:

1. isolement sélectif et détection des Enterobacteriaceae résistantes à la colistine,

2. Isolement sélectif et détection des Entérobactéries productrices de carbapénémase,

3. développement d'une méthode de diffusion sur disque standardisée pour les tests de sensibilité de Clostridium difficile,

4. établissement des ECOFF pour des combinaisons d'agents pathogènes / antibiotiques spécifiques.

Ce projet débouchera sur une méthode validée et sensible de détection des entérobactéries résistantes à la colistine (porteur de mcr) et productrices de carbapénémase (CPE) dans des échantillons caecaux d’animaux et dans des aliments.

Le projet contribuera au développement et à l'harmonisation d’une nouvelle méthode de puce à ARN permettant la détection des agents viraux (zoonoses alimentaires et émergents). Cette méthode est très rapide, facile et peu coûteuse (par rapport à la technique de séquençage à haut débit de nouvelle génération (NGS)) et pourrait aider à une identification précoce des agents pathogènes zoonotiques notamment durant des épidémies. Cet outil de détection de virus par puce à ARN à haut débit et ce projet européen créeront une plate-forme de détection durable pour une communauté de partenaires travaillant dans le domaine de la recherche sur les maladies virales en santé humaine et en santé animale (approche One Health). Dans ce projet, les équipes de l'Anses (laboratoire de santé animale de Maisons-Alfort et laboratoire Ploufragan-Plouzané-Niort) sont principalement impliquées dans le choix des virus ciblés par la puce, dans l'échange d'échantillons et dans la comparaison du nouvel outil développé avec les outils déjà mis en œuvre dans les laboratoires de l'Anses (PCR spécifiques à chaque agent pathogène, PCR microfluidiques).

MedVetKlebs vise à clarifier nos connaissances sur l’écologie de la bactérie Klebsiella pneumoniae (KP), responsable d’infections humaines sévères souvent multirésistantes aux antibiotiques. MedVetKlebs permettra une harmonisation des techniques d’isolement et d’identification de KP, un échantillonnage large de KP à partir des différents secteurs (Homme, animal, environnement) et, par des approches génomiques et de modélisation, fournira des hypothèses en matière d’attribution de sources et de voies de transmission intersectorielle de cette bactérie. L’unité Antibiorésistance et virulence bactériennes (Anses – laboratoire de Lyon) apporte son expertise sur la caractérisation phénotypique et moléculaire de souches de KP multirésistantes aux antibiotiques chez les animaux.

METASTAVA vise à évaluer l’utilisation potentielle de l’analyse métagénomique pour les laboratoires de référence en santé publique en collectant de manière ciblée des données de référence et des matériaux de référence, en générant des données de validation ciblées et en proposant des critères et des outils pour une assurance qualité robuste (AQ) des workflow de métagénomique, de la sélection de l'échantillon jusqu’à l'interprétation du résultat.

L’unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP) de l’Anses - laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort est impliquée dans ce projet. Une des thématiques de l’unité est la maitrise des salmonelles en filière porcine. Sa participation dans le projet MoMIR-PPC porte sur l’identification de marqueurs au niveau du microbiote digestif et de marqueurs immunologiques pouvant prédire les porcs fortement excréteurs en Salmonella en élevage. Pour cela, au sein de l’Anses, elle a collaboré avec Service de production de porcs assainis et d’expérimentation (SPPAE) à Ploufragan pour mettre en place une expérimentation animale en vue de produire expérimentalement des porcs faiblement et fortement excréteurs en Salmonella.

Le projet NOVA, qui associe 19 instituts médicaux et vétérinaires dans l’Union Européenne, a pour but de tester de nouvelles stratégies de surveillance des maladies zoonotiques à transmission alimentaire. L’analyse de nouvelles sources de données, comme les achats alimentaires par les ménages, ou le croisement de plusieurs sources d’information d’origine vétérinaire, alimentaire et médicale, pourraient permettre de détecter plus efficacement et/ou plus rapidement des dangers sanitaires, à un moindre coût. Les laboratoires de l’Anses de Lyon, de Ploufragan-Plouzané-Niort et de Maisons-Alfort sont plus particulièrement impliqués dans l’intégration d’informations de différentes sources (vétérinaire, alimentaire, médicale et environnemental) pour améliorer la détection de Salmonella tout au long de la chaîne alimentaire.

Le projet vise à améliorer l’évaluation de l’impact de l’antibiorésistance sur la santé publique en combinant des informations de nature variées (moléculaires, épidémiologiques, transmissibilité, exposition …) pour construire des modèles plus précis du risque associé et proposer des stratégies de contrôle de la transmission. L’équipe Anses (laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort) est responsable d’un Work Package dédié à l’extraction des informations génomiques pertinentes pour nourrir les modèles de transmission.

Thèses, portées par les laboratoires de l’Anses :

La tuberculose bovine (bTB), loin d’être une maladie du passé, est une zoonose dont l’impact économique reste aujourd’hui particulièrement élevé. Ces dernières années, les cas de bTB identifiés, tant chez les animaux d’élevage que dans la faune sauvage, ont complexifié la problématique et la gestion sanitaire de cette maladie à déclaration obligatoire. Le projet PEMbo a pour but d’établir le profil phénotypique des génotypes émergents de Mycobacterium bovis et d’explorer leur capacité à proliférer dans des systèmes multi-hôtes impliquant les bovins, la faune sauvage et leur environnement, et ce par des nouvelles approches génomiques et biochimiques.

Le projet vise à répondre à la question "Quelle est la part attribuable des produits de porc crus traditionnels dans l'infection humaine à Toxoplasma? " sur la base de trois axes d’étude : (i) une étude approfondie des sites de prédilection de T.gondii dans des carcasses de porc; (ii) l’évaluation de l'impact du processus de fabrication sur la viabilité de T. gondii; (iii) une analyse quantitative des risques microbiologiques pour les divers produits à base de viande de porc crue (saucisse sèche, jambon sec, etc.).

Des aptamères spécifiques pour Trichinella spp. seront sélectionnés par la technique de SELEX. Puis leur identification sera réalisée par NGS. Ces aptamères seront ensuite utilisés pour développer un nouvel outil innovant pour le diagnostique des trichinelloses animales.

Un peu d’histoire

L’Anses a joué  un rôle fondateur en assurant la coordination, de 2004 à 2009, d’un réseau d’excellence, MED-VET-NET, financé par le 6ème programme cadre de recherche et de développement (PCRD) de la Commission européenne, puis en contribuant de façon déterminante à la mise en place de l’association Med-Vet-Net, association d’instituts de recherche en santé publique et santé publique vétérinaire qui a pour objectif de renforcer la prévention et le contrôle des zoonoses, y compris celles transmises par les aliments. L’association Med-Vet-Net est aujourd’hui membre du réseau EJP One-Health.

  • Suivez les activités de l’EJP One Health via le site internet et Twitter
Partenaires :

Ce projet a reçu un financement du programme Horizon 2020 pour la recherche et l’innovation de l’Union européenne sous le contrat numéro 773830.