Portail Nos laboratoires
Activités de recherche du laboratoire de la santé des végétaux
Les activités de recherche du laboratoire de la santé des végétaux sont orientées vers :
- la caractérisation des organismes nuisibles de quarantaine ou émergents, toutes disciplines confondues : bactériologie, entomologie, mycologie, nématologie, virologie. Cette caractérisation passe par des approches de taxonomie, de génétique des populations et d’étude du pouvoir pathogène ;
- l’épidémiologie des maladies et la dynamique des invasions ;
- les mécanismes de dissémination des organismes nuisibles, dont les plantes adventices et les insectes ravageurs et vecteurs de pathogènes ;
- les ravageurs et agents pathogènes tropicaux et non tropicaux ;
- l’écologie des plantes invasives ;
- la mise en évidence et la caractérisation d’organisme génétiquement modifiés (OGM) non-répertoriés.
En parallèle, le maintien à un haut niveau de la capacité d’analyse du LSV est assuré par la participation à des programmes de recherche et de développement. Dans ce but, les questions de recherche abordées dans le cadre de réponses aux appels d’offre relatifs à des projets collaboratifs nationaux (CASDAR) et internationaux (H2020, PRIMA, ERANET EUPHRESCO) concernent principalement les organismes nuisibles, avec :
- la caractérisation biologique et la phylogénie des organismes nuisibles émergents ou considérés comme à risques ;
- l’étude par typage moléculaire ou séquençage de la diversité génétique, de la structuration et du potentiel adaptatif de leurs populations ;
- les éventuels organismes vecteurs et leur répartition géographique.
Par ailleurs, le LSV participe à l’étude de la dissémination des organismes nuisibles, par exemple via l’amélioration des techniques d’échantillonnage, la caractérisation de cycles biologiques, l’identification des facteurs de succès d’introduction et d’établissement.
Le LSV cherche à valoriser de façon systématique les résultats obtenus dans les colloques nationaux et internationaux les plus renommés dans ses domaines de compétences et dans les revues de rang A et A+ ayant l’impact le plus significatif. La formation par la recherche, et notamment doctorale, constitue un levier majeur de l’activité de recherche du LSV.
Projets de recherche
Développement d’outils de caractérisation et de détection des champignons présentant des risques émergents sur fruitiers à pépins : Alternaria spp. et Venturia spp.
Financement : CASDAR (Compte d’affectation spéciale développement agricole et rural)
Partenaires : laboratoire Anses de Lyon, Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes (CTIFL), Institut de recherche en horticulture et semences Angers, FREDON Auvergne Rhône Alpes, lycée d’enseignement général et technologique agricole de Valence.
Le projet vise à optimiser la lutte contre des bioagresseurs des arbres fruitiers à pépins par l’acquisition de connaissances sur deux genres majeurs de champignons pathogènes : Venturia spp. et Alternaria spp. Il s’agira en particulier de développer des outils de détection, réaliser un état des lieux de la répartition de ces agents pathogènes en France, identifier au sein des deux complexes d’espèces les gènes de pathogénicité impliqués dans les maladies qu’ils provoquent, caractériser leur résistance aux principaux produits phytosanitaires utilisés en verger, mettre au point un protocole de piégeage des spores dans des conditions de terrain et enfin identifier l’origine géographique des souches d’Alternaria présentes en France.
Les projets EUPHRESCO
Euphresco est un réseau d'organisations permettant de financer sur fonds propres des projets de recherche et coordonnant la recherche nationale dans le domaine phytosanitaire. L'objectif général est de soutenir au niveau international la coordination et la collaboration dans le domaine de la recherche phytosanitaire, et de devenir un réseau solide et à long terme de bailleurs de fonds qui intègre pleinement les membres existants et nouveaux.
Reduce risk assessment uncertainty: suitability of Mediterranean citrus production areas for Phyllosticta citricarpa
Financement : Efsa (Autorité européenne de sécurité des aliments)
Partenaires : IVIA (Espagne), NIB (Slovénie), ISA (Tunisie)
L'objectif du projet est de réduire les incertitudes liées au risque d'introduction de P. citricarpa, un champignon agent du Citrus Black Spot (CBS) dans les zones de culture d'agrumes méditerranéennes. Il permettra d’améliorer les connaissances sur l'épidémiologie de la maladie et sur les facteurs climatiques favorisant sont établissement dans le bassin méditerranéen.
Mesure et cartographie de la richesse des virus des plantes à l'échelle de l'écosystème
Financement : Agence nationale de la recherche
Partenaires : Inrae, Cirad LA Réunion, Institut de recherche Tour du Valat, conservatoire des Mascarins, CNRS, université d’Arizona (États-unis), université du Cap et université du Cap-Occidental (Afrique du sud).
Ce projet international est piloté par le Cirad de Montpellier pour une durée de quatre ans.
Il vise à mieux comprendre les échanges de virus existants entre les écosystèmes naturels ou gérés et les espèces cultivées. Cette étude permettra de mieux connaître ces interactions entre les milieux qui sont à l’origine de nombreuses émergences, en cartographiant les traces génétiques des adaptations ou empreintes évolutives des virus et en caractérisant les substitutions et recombinaisons au sein des génomes viraux. Pour cela les équipes travailleront en simultané sur plusieurs écosystèmes naturels ou cultivés et leurs zones d’interfaces.
Smart and Innovative monitoring of airborne fungal invaders by molecular methods
Financement : LabEx ARBRE
Partenaires : Inrae, université de Lorraine
Le projet Siamois vise à tirer profit du Réseau national de surveillance aérobiologique (RNSA), utilisé pour le suivi des particules allergènes humaines par microscopie, pour l’étude et le suivi de certaines espèces champignons. Il s’agit d’utiliser ce réseau comme outil de suivi moléculaire de certaines espèces fongiques de quarantaine ou réglementées, pour les études épidémiologiques des pathogènes fongiques forestiers et l'étude des communautés fongiques aériennes.
European Virus Archive – GLOBAL
Financement : Union européenne dans le cadre de l’appel INFRAIA – Horizon 2020
Ce projet réunit 38 partenaires du monde entier, dont le LSV. Piloté par l’université de Marseille, il qui vise à proposer à la communauté scientifique et industrielle l’accès à des collections de souches virales humaines, animales ou végétales. Ces souches permettront d’anticiper de nouvelles émergences mais aussi de constituer du matériel de référence nécessaire aux expérimentations, à la recherche et à la validation des méthodes de détection dans les laboratoires du monde entier
Projet de Recherche et Développement pour une filière agrumicole à haute valeur ajoutée à Al’Ula
Financement : Agence française pour le développement d’ALULA (AFALULA)
Partenaires : Cirad, Inrae, Mas Bachès, Agro Prospective Marrakech
Le projet international « High Value Citrus for AlUla » vise le développement d’une filière agrumicole durable et à haute valeur ajoutée dans la région d’AlUla en Arabie Saoudite, qui souhaite diversifier ses activités économiques et valoriser ses ressources génétiques agrumicoles. Le projet est coordonné par le Cirad, l’Anses est en charge du diagnostic sanitaire de la partie recherche et développement de la qualité des agrumes.
Comment gérer collectivement la résistance variétale face aux populations de nématodes à kyste de la pomme de terre ?
Financement : CASDAR (Compte d’affectation spéciale développement agricole et rural)
Partenaires : DGAL, Inrae, Fédération nationale des producteurs de plants de pommes de terre, Arvalis-Institut du végétal, Association des créateurs de variétés nouvelles de pomme de terre (ACVNPT), Coopérative de Noirmoutier
Ce projet fait suite à la découverte dans le nord de l’Europe de populations de nématodes virulentes vis-à-vis de variétés de pomme de terre considérées comme résistantes. Il a cinq objectifs : l’épidémiosurveillance et la caractérisation des populations de nématodes présentes sur le territoire français, la caractérisation du niveau de virulence de populations de Globodera potentiellement présentes, l’analyse des stratégies individuelles et collectives des acteurs de la filière pomme de terre et l’identification de nouveaux modes de gestion durable des résistances, le développement de marqueurs moléculaires associés aux facteurs de résistance à G. pallida et G. rostochiensis provenant de différentes sources de résistance et enfin la caractérisation phénotypique du matériel végétal multi-résistant en laboratoire et en condition d’infestation naturelle.
Financement : Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)
Partenaires : Efsa, Centre commun de recherche de la Commission européenne
Le projet Horizon Scanning a pour objet l’analyse prospective des médias et de la littérature scientifique, dans le but d’identifier de nouveaux organismes nuisibles ou de nouvelles émergences dans l’Union européenne. Il a également permis la conception d’un système de hiérarchisation des organismes nuisibles nouveaux ou émergents, pour identifier ceux qui nécessiteraient une analyse de risque par l’Efsa ou des modifications des mesures de contrôle aux frontières.
Pantoea stewartii and new diagnostic tool
Financement : Euphersco
Ce projet vise à proposer à l’échelle européenne un protocole de détection et d’identification de la bactérie Pantoea stewartii, sous-espèce stewartii sur les plantes et semences de maïs. Il promeut et intègre les avancées technologiques permettant de distinguer les deux sous-espèces stewartii et indologenes. Il est complémentaire d’un précédent projet Euphresco ayant permis la modification du protocole de diagnostic de l’Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP) pour cette bactérie.
Epidemiology and diagnosis of potato phytoplasmas and 'Candidatus Liberibacter solanacearum' and their contribution to risk management
Financement : Euphresco
Ce projet, dans la continuité des précédents projets Euphresco PhyLib et PhyLib II, contribuera à améliorer les connaissances sur des bactéries responsables de désordres végétatifs sur la pomme de terre : des bactéries du phloème (tissu conducteur de la sève), des bactéries du groupe des phytoplasmes et l’espèce ‘Candidatus Liberibacter solanacearum’.
Early detection of Phytophthoras in nurseries and traded plants
Partenaires : Forest Research (Royaume-uni), BPI (Grèce), AGES (Autriche)
Financement : Euphresco
L'objectif du projet est de valider une méthode d'échantillonnage et de metabarcoding pour détecter les Phytophthora sp., un groupe d’oomycètes pathogènes dans les pépinières. Il permettra d'identifier le risque potentiel d'introduction et de propagation de différentes espèces de Phytophthora sp. émergentes par le biais du commerce des plantes et de prendre des mesures pour atténuer ce risque en pépinière.
Reliable detection of plant pathogens in soil
Financement : Euphresco
Partenaires : Naktuinbouw (Pays-Bas), AGES (Autriche), CREA (Italie), PPIS (Israël),FMFA (Allemagne), CFIA (Canada), UG (Canada), MARE (Chypre), UKZUZ (République Tchèque), IPPNAAS (Ukraine), MAFF (Slovénie)
L'objectif de ce projet est de développer une méthode d'extraction de l'ADN du sol qui puisse s'adapter à des volumes plus importants que ceux classiquement proposés par les kits d'extraction commerciaux. L'extraction d'ADN à partir de plus grandes quantités de sol permettra l'analyse d'échantillons plus représentatifs pour la détection d'importants microorganismes phytopathogènes qui y sont présents.
Sampling and analysis of asymptomatic Citrus fruits and leaf litter to detect the infection of Phyllosticta citricarpa
Financement : Euphresco
Partenaires : CREA (Italie), BBI (Grèce), ISA (Tunisie), Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes
Le projet vise à améliorer les techniques de détection du champignon de quarantaine Phyllosticta citricarpa, agent du Citrus Black Spot (CBS), notamment sur des fruits traités ne présentant pas de symptômes, et pourtant contaminés. Le projet vise également à évaluer des stratégies d’échantillonnage à suivre pour la recherche de ce parasite sur des fruits ne présentant pas de symptômes.
Sécurisation de la production de mirabelles et de quetsches vis-à-vis de la sharka
Financement : FranceAgriMer
Partenaires : Inrae, FREDON, VEREXAL (Association du verger expérimental d’Alsace), AREFE (Association régionale d’expérimentation fruitière de l’Est), Direction régionale de l’alimentation, de l’agriculture et de la forêt Grand-Est
L’objectif du projet SharkSecure est la sécurisation de la production de mirabelles et de quetsches vis-à-vis de la maladie de la Sharka, par la mise à disposition de nouvelles connaissances et de protocoles de détection auprès des producteurs et du gestionnaire de risque. Piloté par INRAE Montpellier, ce projet fédère sept partenaires nationaux, dont l’Anses, autour de cette problématique. Les travaux de recherche de l’Anses sont focalisés sur la détection précoce de la maladie.
Amélioration des méthodes d'identification des foyers de Phytophthora ramorum en France
Financement : Direction générale de l’alimentation (DGAL)/Département de la santé des forêts (DSF)
Partenaires : Inrae, université de Lorraine
Le projet vise à développer des méthodes permettant d’identifier les foyers forestiers et en pépinières de Phytophthora ramorum en Bretagne, afin d’aider la DGAL à la gestion du risque constitué par ces foyers en milieu naturel.
Financement : programme européen H2020
Partenaires : Agrinnova, Federal Department of Economic Affairs -Education and Research EAER – Agroscope, Loewe Biochemica GmbH, Bioreba AG, OEPP, Fera Science Ltd, National Institute of Biology, ClearDetections B.V, Netherlands Food and Consumer Product Safety Authority, Gembloux Agro-Bio Tech - University of Liège, International Plant Analysis and Diagnostics, Sediag SAS, Stichting Wageningen Research, PIORIN, Council for Agricultural Research and Economics.
L’objectif de Valitest était d’améliorer les outils de diagnostic des organismes nuisibles aux végétaux : bactéries, virus, nématodes ou champignons. Cette détection est essentielle pour mettre en place des actions contre ces organismes le plus tôt possible afin de limiter les dégâts sur les végétaux mais aussi d’éviter leur dispersion dans l’environnement. Le cœur du projet était la validation des tests de détection des organismes nuisibles. La performance de 83 tests, destinés à détecter 11 organismes nuisibles a été évaluée. Le projet s’est aussi intéressé aux études statistiques nécessaires pour valider ces outils de diagnostic, à la qualité et l’harmonisation des matériaux de référence utilisés pour évaluer les tests, à l’évaluation de l’aptitude des laboratoires à utiliser les tests de diagnostic ainsi qu’à l’identification des attentes des utilisateurs de tests, de leurs producteurs et des services à qui les résultats de ces diagnostics sont destinés.
Global warming and distribution of root-knot nematode species of the tropical group
Financement : Euphresco
Partenaires : AIS (Slovénie), INIAV (Portugal) CFE(Portugal), CIEPQPF (Portugal), NPPO(Pays-Bas), Institute Tamiš (Serbie)
Les nématodes tropicaux du groupe Meloidogyne spp., sont considérés comme un problème phytosanitaire émergent en Europe. Ce projet a pour origine l’anticipation des dommages potentiels que ces espèces peuvent causer sur des cultures économiquement importantes, en particulier dans un scénario de changement climatique. Les objectifs sont de générer des cartes de répartition des espèces tropicales en Slovénie, France, Portugal et Serbie, évaluer la capacité de survie de M. incognita et M. arenaria dans les conditions climatiques de l'Europe continentale, valider les méthodes biochimiques et moléculaires pour le diagnostic de ces nématodes tropicaux, et enfin générer, pour chaque espèce tropicale présente en Europe, des cartes des risques de dissémination.