Cheffe d’unité : Marianne Chemaly
Cheffe d’unité adjointe : Annaëlle Kerouanton Le Gall
Cheffe d'unité adjointe : Caroline Le Maréchal
L’Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP) compte environ 30 agents assurant des missions de recherche, de référence, de surveillance et d’expertise dans le domaine de l’hygiène et de la qualité des produits avicoles et porcins.
L'unité détient quatre mandats de laboratoire national de référence sur :
L’unité contribue à la surveillance des bactéries zoonotiques et constitue ainsi un patrimoine biologique qu’elle conserve. Ce patrimoine est composé de souches de Salmonella (+ de 10 000), de Campylobacter (+ de 5 000), de Listeria, de Yersinia et de C. botulinum. Ces souches sont issues de contrôles obligatoires, de plan de surveillance et de contrôle, d’enquêtes épidémiologiques et de projets de recherche. L’unité conserve également des échantillons (bouillons, ADN) provenant des analyses diagnostiques réalisées lors de suspicions de botulisme animal.
Les informations concernant ces souches et ces échantillons sont répertoriées dans des bases de données qui peuvent être utilisées lors des enquêtes d’investigation en cas d’alertes sanitaires dans la chaîne alimentaire. L’unité est source de proposition de plans de surveillance et de contrôle auprès de la Direction générale de l’alimentation (DGAl). Dans ce cadre elle peut être amenée à réaliser les analyses ou à récolter les souches en vue de leur potentielle caractérisation.
Par ailleurs, des scientifiques de l’unité font partie des groupes de travail de la plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) et contribuent aux articles de la plateforme d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA).
L’unité assure également des travaux d’expertise, dans le cadre des saisines Anses et au niveau européen, auprès de l'Agence européenne de sécurité sanitaire des aliments (EFSA) et au niveau international auprès de la FAO et de l'OMS.
Enfin, l’unité HQPAP assure une veille normative sur les méthodes de détection, de quantification et de caractérisation des bactéries d’intérêt et participe à des commissions dans les instances de normalisation (AFNOR, CEN, ISO).
Les recherches de l'unité ont pour thématique la maîtrise des agents bactériens zoonotiques, par une approche pluridisciplinaire, dans les filières avicole, porcine et aujourd’hui aussi bovine. Les principales bactéries étudiées sont Salmonella, Campylobacter, Listeria, Yersinia et Clostries.
Les travaux de recherche répondent au concept « one health », visant à étudier les liens entre la santé humaine, la santé animale et l’environnement. Les projets vont « de la fourche à la fourchette », « des bottes au séquenceur » et sont à l’interface entre l’animal, les produits, le consommateur et leur environnement.
Les projets de recherche suivent trois axes thématiques : « prévalence, facteurs de risques et épidémiologie moléculaire », « relation hôte-pathogène » et « moyens de lutte »
Du fait de leur caractère multidisciplinaire et inter-filière, les projets sont conduits en collaboration avec d'autres unités (EPISABE, PBER, MBA) et services expérimentaux (SPPAE, SELEAC) du laboratoire, de l'agence et avec des partenaires nationaux, européens ou internationaux.
REduction des bactéries ZOonotiques en éLevage de Volailles par des huiles Essentielles
Financement : INNO RD COLLABORATIVE
Partenaires : BIOArmor, Anses
Mieux gérer les contaminations par Salmonella et Campylobacter en élevage par une approche territoriale et multiacteurs de la biosécurité (BTer)
Financement : CASDAR
Partenaires : ITAVI, Anses, IDELE
Characterization of the Clostridium perfringens and Clostridium difficile hazards in the bovine, pig and poultry sectors in slaughterhouses
Financement : ANR
Partenaires : Anses: LSAL, SBCL; Anses PPN: EPISABE; Institut Pasteur de Paris; AgroSup Dijon, Université de Bourgogne UMR PAM; IDELE; IFIP
Financement : EFSA (Tailor-Made Activity)
Partenaires : ISS, Sciensano, FLI, BfR, BIOR, AESAN, WR, NMVRVI, VMVT, PIWet, FoodHub, ISUV
Etude et optimisation du compostage en pied d'immeuble des déchets de cuisine et de table pour assurer la qualité sanitaire des composts
Financement : ADEME
Partenaires : INRAE,CNRS, Rennes Métropole, EHESP
Validation de l'application SHINY développée pour prédire le niveau de virulence de Salmonella
Financement : DSP Anses
Partenaires : Unité EPISABE (Anses Ploufragan-Plouzané-Niort), Unité SEL (Anses SAL-Maisons-Alfort), unité TOX (Anses Fougères), PTF-Maldi (Anses LHN), DER (Anses Maisons-Alfort), CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS, Institut Pasteur, Paris)
Impact du processus de production et d'analyse des séquences de génomes entiers de Campylobacter sur le génotypage des souches et leur regroupement au sein de cluster en vue de l'investigation de cas groupés de campylobactériose humaine
Financement : DSP Anses
Partenaires : Unité MBA (Anses Ploufragan-Plouzané-Niort), CNR Campylobacter et Helicobacter (Bordeaux)
Evaluation de l'Approche métagénomique ShoTgun pour l'Etude de micROblomes et la Détection de gEnes d'intérêt
Financement : AMI Anses
Coordinateur : Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (UHQPAP)
Equipes partenaires : Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort UMBA, Plateforme de séquençage, Laboratoire de Santé animale de Maisons-Alfort (UZB), Laboratoire de la Santé des végétaux, unité de nématologie et unité de mycologie, Service formation de l'Anses, Laboratoire d'hydrologie de Nancy, unité microbiologie des eaux (UME)
Campylobacter, Salmonella et Blastocystis chez le poulet de chair en France : associations entre ces microorganismes et impact sur la diversité du microbiote intestinal des animaux
Financement : AMI-Anses
Partenaires : Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), Inserm U1019, Equipe Ecologie et Physiologie des Protozaires Intestinaux, Université de Lille
Collecte et séquensage de souches de Clostridioides difficile et Clostridium perfringens de réservoirs environnementaux pour alimenter des modèles d'attribution des sources
Financement : AMI-Anses
Partenaires : Unité SBCL, Unité UERALIM, Plateforme de séquençage GVB Ploufragan
Réduction du risque sanitaire en méthanisation
Financement : ADEME
Partenaires : INRAE, UBS
Réduction du risque sanitaire dans la filière de méthanisation agricole : Etude de l'impact des traitements thermiques et électrochimiques sur les bactéries sporulantes (Clostridium) et les bactéries non sporulantes (entérocoques)
Financement : Anses, Région Bretagne
Partenaire : UBS
Evaluation of Shotgun metagenomics as a new strategy to subtype and track C.botulinum during animal botulism outbreaks
Financement : AMI Flash Anses
Partenaires : GVB, Plateforme Identypath, ISS et USC Metabiot
Approche One Health pour l'évaluation du risque lié au botulisme dans l'avifaune sauvage
Financement : AMI Anses
Partenaires :
Equipes partenaires : Equipes Anses :
Direction de l'Evaluation des Risques, Unité Evaluation des Risques liés à la santé, à l'Alimentation et au Bien-être des Animaux (UERSABA)
Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, Plateforme de séquençage (GVB)
Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, Unité Epidémiologie, Santé et Bien-Etre (EPISABE)
Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy, Unité Surveillance et Eco-Epidémiologie des Animaux Sauvages (SEEpiAS)
Laboratoire de sécurité des aliments (Plateforme IDENTYPATH)
Direction de la Communication et des Relations Institutionnelles (DICORIS)
Equipes extérieures (sans financement dans le cadre du projet)
Office Français de la Biodiversité
Institut Pasteur, CNR des bactéries anaérobies et du botulisme
Evaluation de l'implication des filières porcine et bovine dans yersinioses humaines en France et de l'évolution de Yersinia enterocolitica par l'utilisation de techniques moléculaires discriminantes
Financement : FranceAgrimer
Partenaires : CNR de la peste et autres yersinioses, Institut Pasteur, Paris ; IFIP- Institut du Porc, le Rheu ; Institut de l'élevage - Idele, Villers-Bocage
Roadmap for the integration of gastro-intestinal (GI) tract microbiomes (human and domestic animal) in risk assessments under EFSA's remit
Financement : EFSA
Partenaires : Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, CSIC, Espagne
Bacteroides fragilis : un probiotique de nouvelle génération pour lutter contre les infections à Salmonella
Financement : Institut Carnot Agrifood Transition
Partenaires : Institut UMR Numecan, INSERM U1241, Rennes ; UMR CNRS 6226, ISCR/COrint, Rennes ; Innozh
Plus-value de la spectrométrie de masse à l'analyse des génomes et aux analyses phénotipiques pour le typage et l'identification de caractères phénotipiques de Listeria monocytogenes isolées en filière porcine
Financement : DSP Anses
Partenaires : Unité AB2R, Anses Fougères ; Unité SEL, Anses Maisons-Alfort ; PTF-MALDI, Anses Nancy ; PTF-Séquençage, Anses Ploufragan
Botulisme animal et épandage des effluents : devenir de Clostridium botulinum dans le sol
Financement : France AgriMer
Partenaires : INNOVAL ; EPISABE ; UMR Agroécologie
Elevages de porcs en système alternatif : opportunités et risques associés à la santé, au bien-être animal et à la biosécurité
Financement : France AgriMer, Cooperl, Sica-Gouessant, Avril nutrition, Herta, Zoetis et Inaporc
Partenaires : Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort et les financeurs