L’Unité Hygiène et Qualité des Produits Avicoles et Porcins (HQPAP) compte environ 30 agents assurant des missions de recherche, de référence, de surveillance et d’expertise dans le domaine de l’hygiène et de la qualité des produits avicoles et porcins.

Activités de référence

L'unité détient quatre mandats de laboratoire national de référence sur :

• Salmonella ;
• les salmonelloses aviaires ;
• Campylobacter ;
• le botulisme aviaire.

Activités de surveillance     

L’unité contribue à la surveillance des bactéries zoonotiques et constitue ainsi un patrimoine biologique qu’elle conserve.  Ce patrimoine est composé de souches de Salmonella (+ de 10 000), de Campylobacter (+ de 5 000), de Listeria, de Yersinia et de C. botulinum. Ces souches sont issues de contrôles obligatoires, de plan de surveillance et de contrôle, d’enquêtes épidémiologiques et de projets de recherche. L’unité conserve également des échantillons (bouillons, ADN) provenant des analyses diagnostiques réalisées lors de suspicions de botulisme animal.

Les informations concernant ces souches et ces échantillons sont répertoriées dans des bases de données qui peuvent être utilisées lors des enquêtes d’investigation en cas d’alertes sanitaires dans la chaîne alimentaire. L’unité est source de proposition de plans de surveillance et de contrôle auprès de la Direction générale de l’alimentation (DGAl). Dans ce cadre elle peut être amenée à réaliser les analyses ou à récolter les souches en vue de leur potentielle caractérisation.

Par ailleurs, des scientifiques de l’unité font partie des groupes de travail de la plateforme de surveillance de la chaîne alimentaire (SCA) et contribuent aux articles de la plateforme d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA).

L’unité assure également des travaux d’expertise, dans le cadre des saisines Anses et au niveau européen, auprès de l'Agence européenne de sécurité sanitaire des aliments (EFSA) et au niveau international auprès de la FAO et de l'OMS.

Enfin, l’unité HQPAP assure une veille normative sur les méthodes de détection, de quantification et de caractérisation des bactéries d’intérêt et participe à des commissions dans les instances de normalisation (AFNOR, CEN, ISO).

Activités de recherche

Les recherches de l'unité ont pour thématique la maîtrise des agents bactériens zoonotiques, par une approche pluridisciplinaire, dans les filières avicole, porcine et aujourd’hui aussi bovine. Les principales bactéries étudiées sont Salmonella, Campylobacter, Listeria, Yersinia et Clostries.

Les travaux de recherche répondent au concept « one health », visant à étudier les liens entre la santé humaine, la santé animale et l’environnement. Les projets vont « de la fourche à la fourchette », « des bottes au séquenceur » et sont à l’interface entre l’animal, les produits, le consommateur et leur environnement.

Les projets de  recherche suivent trois axes thématiques : « prévalence, facteurs de risques et épidémiologie moléculaire », « relation hôte-pathogène » et « moyens de lutte »

Du fait de leur caractère multidisciplinaire et inter-filière, les projets sont conduits en collaboration avec d'autres unités (EPISABE, PBER, MBA) et services expérimentaux (SPPAE, SELEAC) du laboratoire, de l'agence et avec des partenaires nationaux, européens ou internationaux.

Principaux projets de l’unité HQPAP en cours

Rezolve (2022-2025)

REduction des bactéries ZOonotiques en éLevage de Volailles par des huiles Essentielles

Financement : INNO RD COLLABORATIVE

Partenaires : BIOArmor, Anses

Bter (2023-2027)

Mieux gérer les contaminations par Salmonella et Campylobacter en élevage par une approche territoriale et multiacteurs de la biosécurité (BTer)

Financement : CASDAR

Partenaires : ITAVI, Anses, IDELE

ClostAbat (2022-2026)

Characterization of the Clostridium perfringens and Clostridium difficile hazards in the bovine, pig and poultry sectors in slaughterhouses

Financement : ANR

Partenaires : Anses: LSAL, SBCL; Anses PPN: EPISABE; Institut Pasteur de Paris; AgroSup Dijon, Université de Bourgogne UMR PAM; IDELE; IFIP

One Health approach to investigate Botulinum neurotoxin-producing bacteria contamination levels from farm to fork (2025-2027)

Financement : EFSA (Tailor-Made Activity)

Partenaires : ISS, Sciensano, FLI, BfR, BIOR, AESAN, WR, NMVRVI, VMVT, PIWet, FoodHub, ISUV

In the Waste (2023-2026)

Etude et optimisation du compostage en pied d'immeuble des déchets de cuisine et de table pour assurer la qualité sanitaire des composts

Financement : ADEME

Partenaires : INRAE,CNRS, Rennes Métropole, EHESP

AMI DSP_SHINY-VISA (2024-2025)

Validation de l'application SHINY développée pour prédire le niveau de virulence de Salmonella

Financement : DSP Anses

Partenaires : Unité EPISABE (Anses Ploufragan-Plouzané-Niort), Unité SEL (Anses SAL-Maisons-Alfort), unité TOX (Anses Fougères), PTF-Maldi (Anses LHN), DER (Anses Maisons-Alfort), CNR des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS, Institut Pasteur, Paris)

AMI DSP_CampySeq (2024-2024)

Impact du processus de production et d'analyse des séquences de génomes entiers de Campylobacter sur le génotypage des souches et leur regroupement au sein de cluster en vue de l'investigation de cas groupés de campylobactériose humaine

Financement : DSP Anses

Partenaires : Unité MBA (Anses Ploufragan-Plouzané-Niort), CNR Campylobacter et Helicobacter (Bordeaux)

AMI DSP_ASTEROIDE (2024-2025)

Evaluation de l'Approche métagénomique ShoTgun pour l'Etude de micROblomes et la Détection de gEnes d'intérêt

Financement : AMI Anses

Coordinateur : Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (UHQPAP) 

Equipes partenaires :  Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort UMBA, Plateforme de séquençage, Laboratoire de Santé animale de Maisons-Alfort (UZB), Laboratoire de la Santé des végétaux, unité de nématologie et unité de mycologie, Service formation de l'Anses, Laboratoire d'hydrologie de Nancy, unité microbiologie des eaux (UME)

AMI DSP_CASABLAST (2024-2025)

Campylobacter, Salmonella et Blastocystis chez le poulet de chair en France : associations entre ces microorganismes et impact sur la diversité du microbiote intestinal des animaux

Financement : AMI-Anses

Partenaires : Centre d'Infection et d'Immunité de Lille (CIIL), Inserm U1019, Equipe Ecologie et Physiologie des Protozaires Intestinaux, Université de Lille

AMI DSP_CLOST'ENVIR (2024-2025)

Collecte et séquensage de souches de Clostridioides difficile et Clostridium perfringens de réservoirs environnementaux pour alimenter des modèles d'attribution des sources

Financement : AMI-Anses

Partenaires : Unité SBCL, Unité UERALIM, Plateforme de séquençage GVB Ploufragan

Projets terminés 

SANIMETHA (2020-2024)

Réduction du risque sanitaire en méthanisation

Financement : ADEME

Partenaires : INRAE, UBS

SANAMETHA (2020-2025)

Réduction du risque sanitaire dans la filière de méthanisation agricole : Etude de l'impact des traitements thermiques et électrochimiques sur les bactéries sporulantes (Clostridium) et les bactéries non sporulantes (entérocoques)

Financement : Anses, Région Bretagne

Partenaire : UBS

SHOTBOT (2023)

Evaluation of Shotgun metagenomics as a new strategy to subtype and track C.botulinum during animal botulism outbreaks

Financement : AMI Flash Anses

Partenaires : GVB, Plateforme Identypath, ISS et USC Metabiot

AMI Botu faune sauvage (2022-2024)

Approche One Health pour l'évaluation du risque lié au botulisme dans l'avifaune sauvage

Financement : AMI Anses

Partenaires : 

Equipes partenaires : Equipes Anses :

Direction de l'Evaluation des Risques, Unité Evaluation des Risques liés à la santé, à l'Alimentation et au Bien-être des Animaux (UERSABA)

Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, Plateforme de séquençage (GVB)

Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, Unité Epidémiologie, Santé et Bien-Etre (EPISABE)

Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy, Unité Surveillance et Eco-Epidémiologie des Animaux Sauvages (SEEpiAS)

Laboratoire de sécurité des aliments (Plateforme IDENTYPATH)

Direction de la Communication et des Relations Institutionnelles (DICORIS)

Equipes extérieures (sans financement dans le cadre du projet)

Office Français de la Biodiversité

Institut Pasteur, CNR des bactéries anaérobies et du botulisme

Evanhoty (2021-2024)

Evaluation de l'implication des filières porcine et bovine dans yersinioses humaines en France et de l'évolution de Yersinia enterocolitica par l'utilisation de techniques moléculaires discriminantes

Financement : FranceAgrimer

Partenaires : CNR de la peste et autres yersinioses, Institut Pasteur, Paris ; IFIP- Institut du Porc, le Rheu ; Institut de l'élevage - Idele, Villers-Bocage

RIMICIA (2021-2023)

Roadmap for the integration of gastro-intestinal (GI) tract microbiomes (human and domestic animal) in risk assessments under EFSA's remit

Financement : EFSA

Partenaires : Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, CSIC, Espagne

Newprob's (2020-2023)

Bacteroides fragilis : un probiotique de nouvelle génération pour lutter contre les infections à Salmonella

Financement : Institut Carnot Agrifood Transition

Partenaires : Institut UMR Numecan, INSERM U1241, Rennes ; UMR CNRS 6226, ISCR/COrint, Rennes ; Innozh

CALISPO (AMI flash) (2023-2024)

Plus-value de la spectrométrie de masse à l'analyse des génomes et aux analyses phénotipiques pour le typage et l'identification de caractères phénotipiques de Listeria monocytogenes isolées en filière porcine

Financement : DSP Anses

Partenaires : Unité AB2R, Anses Fougères ; Unité SEL, Anses Maisons-Alfort ; PTF-MALDI, Anses Nancy ; PTF-Séquençage, Anses Ploufragan

BOTUSOL (2019-2023)

Botulisme animal et épandage des effluents : devenir de Clostridium botulinum dans le sol

Financement : France AgriMer

Partenaires : INNOVAL ; EPISABE ; UMR Agroécologie

PIGAL (2019-2023)

Elevages de porcs en système alternatif : opportunités et risques associés à la santé, au bien-être animal et à la biosécurité

Financement : France AgriMer, Cooperl, Sica-Gouessant, Avril nutrition, Herta, Zoetis et Inaporc

Partenaires : Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort et les financeurs